Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 JMJD1C-202ENST00000399262 8666 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 TRIM14-201ENST00000341469 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 RBBP8-201ENST00000327155 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 NDRG2-209ENST00000397853 2079 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 SHISA5-210ENST00000444115 2081 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 NKIRAS1-201ENST00000388759 2335 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 NAXD-202ENST00000424185 2311 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 RSPH6A-202ENST00000597055 2306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 TAF15-205ENST00000603777 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 PITPNC1-203ENST00000580974 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 C18orf15-201ENST00000623680 2534 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 DUSP22-202ENST00000419235 3098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 SMAP1-202ENST00000370452 2491 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 FYN-205ENST00000368682 3234 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 NFAM1-201ENST00000329021 5602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 ABCB8-221ENST00000498578 2350 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 CLDN19-202ENST00000372539 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 CAMK2B-208ENST00000395747 1557 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AC106881.1-201ENST00000605849 3329 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 CD37-201ENST00000323906 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 ZNF593-202ENST00000374266 675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 CRLF2-202ENST00000381567 1013 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AL390729.1-201ENST00000456651 587 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 PP7080-203ENST00000510604 859 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 STT3A-AS1-201ENST00000530526 429 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 QPRT-203ENST00000562473 579 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 CMTM3-205ENST00000562707 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AC009053.3-201ENST00000567148 574 ntTSL 4 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 SEC11C-205ENST00000588875 718 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 RAMP2-205ENST00000589683 858 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 HNRNPH1-250ENST00000630639 123 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AC105339.1-204ENST00000636249 355 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 RB1CC1-201ENST00000025008 6635 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 CMTM3-203ENST00000460097 1797 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 ASAH1-240ENST00000636997 1774 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 SLC22A7-203ENST00000372589 2549 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 APP-208ENST00000439274 2517 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 TMEM127-201ENST00000258439 6266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 HNRNPU-204ENST00000440865 3207 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 RAP1GAP2-209ENST00000637138 3175 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 SGK2-206ENST00000423407 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 TSEN2-207ENST00000454502 1909 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 TPCN1-201ENST00000335509 5274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 ITSN1-204ENST00000381285 6107 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 CLCN2-201ENST00000265593 3290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIG1P18858 FLAD1-205ENST00000368431 1803 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIG1P18858 PTBP1-204ENST00000394601 3185 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIG1P18858 STRA6-218ENST00000574278 2455 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIG1P18858 SPHK2-210ENST00000599748 2683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIG1P18858 RNPS1-223ENST00000568631 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIG1P18858 GFOD1-203ENST00000379287 8751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIG1P18858 GPM6A-210ENST00000506894 2614 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIG1P18858 RBFOX3-212ENST00000584778 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIG1P18858 TMEM184A-201ENST00000297477 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIG1P18858 MOB3B-201ENST00000262244 6454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIG1P18858 SIDT1-202ENST00000393830 2572 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIG1P18858 SNURF-201ENST00000338327 331 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AC004461.1-201ENST00000412461 403 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AC254562.1-201ENST00000417586 456 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
LIG1P18858 ADH5P3-201ENST00000433842 1137 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
LIG1P18858 MCF2L-AS1-201ENST00000446789 712 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AC092183.1-201ENST00000469884 875 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
LIG1P18858 RPN1-207ENST00000497289 2137 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIG1P18858 GATB-205ENST00000508611 605 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIG1P18858 C8orf46-213ENST00000521495 557 ntTSL 4 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIG1P18858 LINC00668-203ENST00000579012 605 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AC022145.2-201ENST00000598203 171 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
LIG1P18858 FHL2-212ENST00000607522 759 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AC004943.2-201ENST00000563328 4842 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIG1P18858 C12orf40-202ENST00000405531 1656 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIG1P18858 CNDP1-201ENST00000358821 2215 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIG1P18858 NEBL-203ENST00000417816 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIG1P18858 NPAS2-201ENST00000335681 4007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIG1P18858 C15orf62-201ENST00000344320 2370 ntAPPRIS P1 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIG1P18858 IVL-201ENST00000368764 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIG1P18858 RNF167-211ENST00000575111 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIG1P18858 MAP4K1-203ENST00000586296 1363 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIG1P18858 ST14-201ENST00000278742 3539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 KRT77-201ENST00000341809 3305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 CRHR2-208ENST00000506074 3109 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 ANO1-201ENST00000316296 2118 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 ORMDL3-204ENST00000579695 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 ABCG5-202ENST00000405322 2896 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 NFIC-203ENST00000443272 1716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 ANKRD33B-201ENST00000296657 9188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AL139398.1-201ENST00000638795 1529 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 ZXDA-201ENST00000358697 4113 ntAPPRIS P1 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 RNF32-202ENST00000317955 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 C10orf107-201ENST00000330194 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 TBX5-203ENST00000405440 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 LRCH1-202ENST00000389797 3314 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 ATG2A-203ENST00000421419 1481 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AP001282.1-201ENST00000531301 1499 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 MAU2-201ENST00000262815 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AIFM2-202ENST00000373248 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 LEF1-202ENST00000379951 3477 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 LRRFIP1-201ENST00000244815 4370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 CLIC1-208ENST00000375784 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AC005237.2-201ENST00000434368 219 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 URGCP-206ENST00000446958 365 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.7 ms