Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 MIR4313-201ENST00000580760 101 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 LCN9-204ENST00000619315 528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 MIR6727-201ENST00000620702 65 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 UNC5C-203ENST00000506749 2220 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 LINC01978-202ENST00000574526 1540 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 RAN-212ENST00000543796 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 HPN-201ENST00000262626 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 LINC00323-202ENST00000441268 2095 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 CCNA1-204ENST00000630422 1751 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 GPAT3-202ENST00000395226 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 ZNF419-201ENST00000221735 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 ACTG1-208ENST00000575087 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 PIK3R2-201ENST00000222254 4033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 ABHD10-201ENST00000273359 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 SASH1-201ENST00000367467 7711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 FOS-202ENST00000535987 1402 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 CALCB-202ENST00000523376 2258 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 EXTL3-201ENST00000220562 6483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 WDR45-202ENST00000356463 1688 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 LDB3-208ENST00000623007 1664 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 BAZ1A-203ENST00000382422 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 AC005332.8-201ENST00000622750 2735 ntBASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 PI16-201ENST00000373674 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 THEG-202ENST00000346878 1211 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 NDUFA3-203ENST00000391763 338 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 AP000350.4-201ENST00000433835 788 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 AL160290.2-201ENST00000448347 831 ntTSL 3 BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 SPATA24-205ENST00000509959 641 ntTSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 AC006487.1-201ENST00000514506 1221 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 NAALADL1-207ENST00000526799 959 ntTSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 AC090825.1-203ENST00000558188 582 ntTSL 3 BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 YIF1B-215ENST00000592246 936 ntTSL 3 BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 AC016629.1-201ENST00000596579 586 ntBASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 AC006453.4-201ENST00000636949 1252 ntBASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 ANKRD33-202ENST00000340970 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 PLA1A-201ENST00000273371 1786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 SLC29A2-202ENST00000357440 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 SLC29A2-205ENST00000544554 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 VPS37A-201ENST00000324849 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 CEP76-202ENST00000423709 2197 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 KAZN-203ENST00000376030 6030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 ACYP2-203ENST00000406041 1913 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 NLE1-203ENST00000586869 5286 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 RHNO1-202ENST00000461997 1655 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 YARS2-201ENST00000324868 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 AC022211.2-201ENST00000585075 2527 ntBASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 PHRF1-202ENST00000413872 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 THSD1-202ENST00000349258 3189 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 PARVB-203ENST00000404989 1591 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 LPAR5-202ENST00000431922 2695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 TRAPPC2L-201ENST00000301021 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 TMED1-201ENST00000214869 1340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 CTSD-213ENST00000637915 1982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 SHISA5-209ENST00000443308 1933 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 LSM10-201ENST00000315732 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 IP6K2-202ENST00000340879 1185 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 SLC22A11-203ENST00000377585 2124 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 MB-205ENST00000406324 582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 EPDR1-203ENST00000425345 947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 HCST-202ENST00000437550 445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 HOMER2P2-201ENST00000451621 847 ntBASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 CLRN2-201ENST00000511148 823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 NME2-207ENST00000514264 850 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 SCARNA20.5-201ENST00000516991 142 ntBASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 AAMDC-206ENST00000526415 579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 CNGA4-202ENST00000533426 936 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 TUBB6-210ENST00000590967 430 ntTSL 3 BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 ETV2-208ENST00000621247 941 ntTSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 LEF1-216ENST00000510624 1472 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.76
CCDC87Q9NVE4 AC138028.6-201ENST00000616106 1482 ntBASIC19.83■□□□□ 0.76
CCDC87Q9NVE4 PIKFYVE-204ENST00000407449 1898 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
CCDC87Q9NVE4 PARVG-206ENST00000444313 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
CCDC87Q9NVE4 RAB1A-204ENST00000409892 2254 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.76
CCDC87Q9NVE4 RABEP1-202ENST00000537505 5365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
CCDC87Q9NVE4 CRYZL1-202ENST00000361534 2224 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
CCDC87Q9NVE4 GUCA1A-203ENST00000394237 2233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.76
CCDC87Q9NVE4 APOLD1-202ENST00000356591 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
CCDC87Q9NVE4 IFFO1-211ENST00000615885 2775 ntTSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.76
CCDC87Q9NVE4 KCNJ8-201ENST00000240662 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
CCDC87Q9NVE4 SEPT5-204ENST00000406395 1974 ntTSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.76
CCDC87Q9NVE4 HPSE-206ENST00000512196 1571 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
CCDC87Q9NVE4 MATN3-201ENST00000407540 2524 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC87Q9NVE4 PAK4-203ENST00000360442 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC87Q9NVE4 CBX3-203ENST00000409747 1717 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC87Q9NVE4 AL365199.1-201ENST00000421320 1714 ntTSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC87Q9NVE4 MUTYH-209ENST00000448481 1706 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC87Q9NVE4 AC011676.5-201ENST00000624864 2660 ntBASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC87Q9NVE4 SSC5D-202ENST00000587166 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC87Q9NVE4 RHNO1-209ENST00000618250 2070 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC87Q9NVE4 BMPER-201ENST00000297161 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC87Q9NVE4 FLII-221ENST00000578558 2377 ntTSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC87Q9NVE4 NEU2-201ENST00000233840 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC87Q9NVE4 BST2-201ENST00000252593 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC87Q9NVE4 TSHR-202ENST00000342443 1281 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC87Q9NVE4 HIST3H2A-201ENST00000366695 895 ntAPPRIS P1 BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC87Q9NVE4 SMIM11A-203ENST00000399299 1033 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC87Q9NVE4 ACTBP8-201ENST00000403258 1108 ntBASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC87Q9NVE4 AL355483.2-201ENST00000421637 675 ntTSL 3 BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC87Q9NVE4 MTX1P1-201ENST00000440904 838 ntBASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC87Q9NVE4 SIRPB2-203ENST00000444444 884 ntTSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.7 ms