Protein–RNA interactions for Protein: O95343

SIX3, Homeobox protein SIX3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 332 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SIX3O95343 SHTN1-201ENST00000260777 5308 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SIX3O95343 CCDC85A-201ENST00000407595 3982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SIX3O95343 TMEM132D-AS2-201ENST00000542578 1568 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SIX3O95343 PAX6-276ENST00000640684 1557 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SIX3O95343 MAP2K5-201ENST00000178640 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SIX3O95343 TMEM86B-201ENST00000327042 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SIX3O95343 RPS27A-201ENST00000272317 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SIX3O95343 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SIX3O95343 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SIX3O95343 MIR574-201ENST00000385209 96 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
SIX3O95343 IMP4-203ENST00000409935 958 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SIX3O95343 ZFAND2B-212ENST00000444522 1199 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SIX3O95343 LINC01640-201ENST00000452505 550 ntTSL 4 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SIX3O95343 RCHY1-208ENST00000512706 1011 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SIX3O95343 DCUN1D5-209ENST00000531543 1030 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SIX3O95343 AL137786.1-202ENST00000555496 789 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SIX3O95343 SNHG15-206ENST00000580528 1073 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SIX3O95343 LILRA2-208ENST00000629481 661 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SIX3O95343 BRF1-205ENST00000440513 2368 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SIX3O95343 UHRF2-201ENST00000276893 3452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SIX3O95343 ZNF276-201ENST00000289816 4589 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SIX3O95343 ZCCHC4-201ENST00000302874 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SIX3O95343 TEAD3-204ENST00000639578 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SIX3O95343 SH3BP4-203ENST00000409212 5231 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SIX3O95343 MAPT-201ENST00000262410 6762 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SIX3O95343 LINC00900-201ENST00000499809 3322 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SIX3O95343 CLEC17A-202ENST00000417570 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SIX3O95343 FUT3-209ENST00000589918 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SIX3O95343 TFB2M-201ENST00000366514 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SIX3O95343 TEAD2-203ENST00000539846 1444 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SIX3O95343 PTOV1-219ENST00000601638 1413 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SIX3O95343 LINC00884-202ENST00000448892 2680 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SIX3O95343 AEN-201ENST00000332810 3117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SIX3O95343 IPPK-201ENST00000287996 4401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SIX3O95343 CHTF18-205ENST00000455171 3172 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SIX3O95343 ZNF367-201ENST00000375256 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
SIX3O95343 ZNF252P-AS1-201ENST00000527067 3236 ntBASIC15.58■□□□□ 0.09
SIX3O95343 DNAJC16-201ENST00000375838 2357 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
SIX3O95343 MX1-210ENST00000455164 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
SIX3O95343 TEN1-CDK3-202ENST00000569284 3287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
SIX3O95343 TPO-203ENST00000346956 2923 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
SIX3O95343 SENP6-205ENST00000447266 6501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
SIX3O95343 RB1CC1-201ENST00000025008 6635 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
SIX3O95343 P3H1-201ENST00000236040 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
SIX3O95343 PELP1-208ENST00000572293 5272 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
SIX3O95343 RPS9-207ENST00000441429 1600 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
SIX3O95343 HTR7-201ENST00000277874 3028 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
SIX3O95343 SLC4A2-214ENST00000485713 4925 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
SIX3O95343 NLRX1-202ENST00000409109 4092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 WNT16-201ENST00000222462 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 TNIP1-217ENST00000523200 1743 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 ABHD14B-201ENST00000315877 2236 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 RBFOX1-212ENST00000550418 4775 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 UBE2J1-201ENST00000435041 4290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 SNRPD3-201ENST00000215829 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 HIST1H2BD-202ENST00000377777 496 ntAPPRIS P1 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 PTMS-202ENST00000389462 773 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 AC004987.2-201ENST00000395959 1148 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 C22orf39-203ENST00000399568 1005 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 PIK3CD-AS2-201ENST00000415330 939 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 AL158071.2-201ENST00000423380 815 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 PTGES3-204ENST00000448157 1017 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 AC078942.1-201ENST00000448698 589 ntTSL 4 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 RPS3A-212ENST00000514682 985 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 AC090515.4-201ENST00000558042 450 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 PFN1-203ENST00000574872 1173 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 MRPL34-205ENST00000600434 793 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 FLAD1-205ENST00000368431 1803 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 NFE2-203ENST00000540264 1833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 CNN1-210ENST00000592923 1848 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 ASTN2-201ENST00000288520 2356 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 YAP1-211ENST00000629586 1365 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 NRXN1-204ENST00000401669 5870 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 DUSP6-202ENST00000308385 1959 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 AC112693.3-201ENST00000624819 1983 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 CHID1-215ENST00000528581 1431 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 AC010931.2-202ENST00000514871 2566 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 RASGEF1C-206ENST00000522500 2055 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 MKS1-204ENST00000537529 2083 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 DDX1-201ENST00000233084 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 TMEM119-201ENST00000392806 2707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 GJB6-202ENST00000356192 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 PAQR6-204ENST00000356983 2143 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 MIB1-201ENST00000261537 9576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 GRID2IP-202ENST00000452113 3428 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 ASAH1-210ENST00000520781 2245 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 NOP14-201ENST00000314262 2889 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SIX3O95343 MRGPRX3-201ENST00000396275 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SIX3O95343 HDAC5-202ENST00000336057 5040 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SIX3O95343 KLK3-202ENST00000360617 1664 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SIX3O95343 KCNJ5-201ENST00000338350 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SIX3O95343 CRLS1-203ENST00000452938 3859 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SIX3O95343 AC091951.1-201ENST00000512854 2465 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
SIX3O95343 MAGEA8-201ENST00000286482 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SIX3O95343 IL18BP-204ENST00000393703 1788 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SIX3O95343 REPIN1-201ENST00000397281 3292 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SIX3O95343 EXO5-203ENST00000372703 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SIX3O95343 TXNDC2-206ENST00000611534 2066 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.5 ms