Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 SLC22A18-206ENST00000449793 1225 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG1P18858 TIMM8BP1-201ENST00000452384 211 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG1P18858 FAM153C-206ENST00000507848 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG1P18858 MVB12A-211ENST00000529939 1091 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG1P18858 PUS1-205ENST00000535067 838 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG1P18858 FLYWCH2-203ENST00000572006 754 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG1P18858 BORCS8-206ENST00000585679 801 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG1P18858 CPT2-201ENST00000371486 3094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG1P18858 TOR4A-201ENST00000357503 4148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG1P18858 HNRNPA1-202ENST00000340913 1842 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG1P18858 NBPF15-202ENST00000488031 4535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG1P18858 NT5DC3-201ENST00000392876 7207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG1P18858 GPS1-208ENST00000578552 1874 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG1P18858 KCNJ14-201ENST00000342291 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG1P18858 SFRP4-201ENST00000436072 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG1P18858 LOX-206ENST00000639739 1626 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG1P18858 AADAT-208ENST00000515480 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG1P18858 EHD3-201ENST00000322054 4636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG1P18858 AC011477.6-201ENST00000604980 1927 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG1P18858 PTPRN2-201ENST00000389413 4723 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG1P18858 EOMES-201ENST00000295743 3386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG1P18858 SH2D6-202ENST00000389938 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIG1P18858 FUT8-213ENST00000557164 2269 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG1P18858 ADAMTS1-201ENST00000284984 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG1P18858 FAM156B-202ENST00000509613 1701 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG1P18858 ZNF334-202ENST00000457685 3487 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG1P18858 TSPOAP1-202ENST00000343736 5947 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG1P18858 NDRG2-206ENST00000397844 2096 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG1P18858 RBFOX1-205ENST00000436368 1530 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG1P18858 PKD1P5-201ENST00000532415 10291 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG1P18858 NOX4-207ENST00000525196 1555 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG1P18858 ETV5-206ENST00000434744 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG1P18858 FIGLA-201ENST00000332372 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG1P18858 CHMP3-203ENST00000409225 1099 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG1P18858 AL162231.1-204ENST00000423809 477 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG1P18858 DNAJB3-202ENST00000449667 1266 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG1P18858 AHSA1-202ENST00000535854 1173 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG1P18858 HIST4H4-204ENST00000539745 577 ntAPPRIS P1 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG1P18858 SNHG9-202ENST00000564014 471 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG1P18858 AC010618.3-201ENST00000596643 775 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG1P18858 AL009183.1-201ENST00000603760 355 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG1P18858 SERAC1-201ENST00000367101 1907 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG1P18858 NR1H3-235ENST00000616973 1919 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG1P18858 SIK3-201ENST00000375300 6213 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG1P18858 LRRC47-201ENST00000378251 4310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG1P18858 FOLH1-202ENST00000340334 2697 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG1P18858 GGACT-202ENST00000455100 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG1P18858 MECR-202ENST00000373791 2416 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG1P18858 ALDH3A2-221ENST00000581518 2785 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG1P18858 ROBO3-201ENST00000397801 4569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG1P18858 ROBO3-220ENST00000538940 4551 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG1P18858 TRIML1-201ENST00000332517 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG1P18858 PCYOX1L-201ENST00000274569 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG1P18858 FAM218A-201ENST00000513876 2175 ntAPPRIS P1 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG1P18858 TEN1-CDK3-202ENST00000569284 3287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIG1P18858 TNRC18-202ENST00000399434 1459 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.54
LIG1P18858 HSF5-201ENST00000323777 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
LIG1P18858 AC087481.3-201ENST00000602886 1894 ntBASIC18.39■□□□□ 0.54
LIG1P18858 TSNARE1-201ENST00000307180 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 ADD2-208ENST00000430656 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 EVPL-201ENST00000301607 6614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 CLEC18C-210ENST00000569347 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 AC004922.1-201ENST00000638617 2430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 AC091951.1-201ENST00000512854 2465 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 LFNG-204ENST00000402045 2058 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 CRYBA2-201ENST00000295728 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 GPX7-201ENST00000361314 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 DANCR-201ENST00000411630 904 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 AL671277.1-201ENST00000429656 993 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 SPDYE2-202ENST00000432940 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 SPDYE2B-201ENST00000436228 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 TWIST2-201ENST00000448943 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 SPDYE5-201ENST00000455862 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 SLC30A5-203ENST00000502979 681 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 YBX1P5-201ENST00000509441 847 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 FAM172A-207ENST00000509739 1031 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 CTBP1-AS2-204ENST00000514984 533 ntTSL 4 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 LINC01485-205ENST00000523617 586 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 SMCO4-204ENST00000527149 472 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 CCND1-203ENST00000536559 553 ntTSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 THTPA-204ENST00000554970 569 ntTSL 4 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 THTPA-206ENST00000556015 535 ntTSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 AP002449.1-201ENST00000588211 474 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 ZNF773-202ENST00000593916 548 ntTSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 AC007192.2-201ENST00000600364 463 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 AC099522.2-201ENST00000607001 744 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 ACYP2-209ENST00000607452 831 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 CITED2-204ENST00000618718 901 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 PDE8B-202ENST00000333194 2572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 CBS-204ENST00000398165 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 TSPAN4-208ENST00000409531 1339 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 RIMS1-213ENST00000517960 4428 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 RIMS1-215ENST00000520567 4442 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 Z98749.3-201ENST00000400206 1770 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 PPP1R21-201ENST00000281394 3137 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 BMP7-201ENST00000395863 4013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 KCNH3-201ENST00000257981 3867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 DMTN-206ENST00000443491 2415 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 GCLM-201ENST00000370238 4857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 MAP1S-201ENST00000324096 3419 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.3 ms