Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
USP3Q9Y6I4 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 91.1 ms