Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.15■■■□□ 2.42
CCDC87Q9NVE4 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC30.15■■■□□ 2.42
CCDC87Q9NVE4 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
CCDC87Q9NVE4 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC30.15■■■□□ 2.42
CCDC87Q9NVE4 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
CCDC87Q9NVE4 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
CCDC87Q9NVE4 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC30.14■■■□□ 2.42
CCDC87Q9NVE4 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
CCDC87Q9NVE4 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
CCDC87Q9NVE4 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
CCDC87Q9NVE4 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
CCDC87Q9NVE4 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
CCDC87Q9NVE4 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
CCDC87Q9NVE4 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
CCDC87Q9NVE4 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC30.12■■■□□ 2.41
CCDC87Q9NVE4 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.12■■■□□ 2.41
CCDC87Q9NVE4 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC30.12■■■□□ 2.41
CCDC87Q9NVE4 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC30.12■■■□□ 2.41
CCDC87Q9NVE4 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
CCDC87Q9NVE4 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC30.11■■■□□ 2.41
CCDC87Q9NVE4 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
CCDC87Q9NVE4 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC30.1■■■□□ 2.41
CCDC87Q9NVE4 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
CCDC87Q9NVE4 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
CCDC87Q9NVE4 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.1■■■□□ 2.41
CCDC87Q9NVE4 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
CCDC87Q9NVE4 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
CCDC87Q9NVE4 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC30.1■■■□□ 2.41
CCDC87Q9NVE4 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
CCDC87Q9NVE4 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC30.09■■■□□ 2.41
CCDC87Q9NVE4 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC30.08■■■□□ 2.41
CCDC87Q9NVE4 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
CCDC87Q9NVE4 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC30.08■■■□□ 2.41
CCDC87Q9NVE4 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC30.08■■■□□ 2.41
CCDC87Q9NVE4 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC30.08■■■□□ 2.41
CCDC87Q9NVE4 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.08■■■□□ 2.41
CCDC87Q9NVE4 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.41
CCDC87Q9NVE4 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.07■■■□□ 2.4
CCDC87Q9NVE4 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
CCDC87Q9NVE4 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
CCDC87Q9NVE4 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
CCDC87Q9NVE4 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC30.07■■■□□ 2.4
CCDC87Q9NVE4 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC30.07■■■□□ 2.4
CCDC87Q9NVE4 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC30.07■■■□□ 2.4
CCDC87Q9NVE4 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
CCDC87Q9NVE4 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
CCDC87Q9NVE4 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
CCDC87Q9NVE4 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
CCDC87Q9NVE4 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
CCDC87Q9NVE4 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC30.06■■■□□ 2.4
CCDC87Q9NVE4 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
CCDC87Q9NVE4 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC30.06■■■□□ 2.4
CCDC87Q9NVE4 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
CCDC87Q9NVE4 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
CCDC87Q9NVE4 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC30.05■■■□□ 2.4
CCDC87Q9NVE4 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
CCDC87Q9NVE4 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
CCDC87Q9NVE4 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
CCDC87Q9NVE4 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC30.04■■■□□ 2.4
CCDC87Q9NVE4 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC30.04■■■□□ 2.4
CCDC87Q9NVE4 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.04■■■□□ 2.4
CCDC87Q9NVE4 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
CCDC87Q9NVE4 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
CCDC87Q9NVE4 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC30.03■■■□□ 2.4
CCDC87Q9NVE4 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
CCDC87Q9NVE4 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
CCDC87Q9NVE4 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
CCDC87Q9NVE4 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
CCDC87Q9NVE4 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC30.02■■■□□ 2.4
CCDC87Q9NVE4 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC30.02■■■□□ 2.4
CCDC87Q9NVE4 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
CCDC87Q9NVE4 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
CCDC87Q9NVE4 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
CCDC87Q9NVE4 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
CCDC87Q9NVE4 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC30.01■■■□□ 2.39
CCDC87Q9NVE4 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC30.01■■■□□ 2.39
CCDC87Q9NVE4 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
CCDC87Q9NVE4 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC30■■■□□ 2.39
CCDC87Q9NVE4 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
CCDC87Q9NVE4 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC30■■■□□ 2.39
CCDC87Q9NVE4 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC30■■■□□ 2.39
CCDC87Q9NVE4 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
CCDC87Q9NVE4 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
CCDC87Q9NVE4 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC29.99■■■□□ 2.39
CCDC87Q9NVE4 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC29.98■■■□□ 2.39
CCDC87Q9NVE4 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
CCDC87Q9NVE4 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC29.97■■■□□ 2.39
CCDC87Q9NVE4 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
CCDC87Q9NVE4 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
CCDC87Q9NVE4 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
CCDC87Q9NVE4 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC29.97■■■□□ 2.39
CCDC87Q9NVE4 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
CCDC87Q9NVE4 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC29.96■■■□□ 2.39
CCDC87Q9NVE4 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC29.96■■■□□ 2.39
CCDC87Q9NVE4 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.96■■■□□ 2.39
CCDC87Q9NVE4 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC29.96■■■□□ 2.39
CCDC87Q9NVE4 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
CCDC87Q9NVE4 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
CCDC87Q9NVE4 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
CCDC87Q9NVE4 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.2 ms