Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4W6

EBF3, Transcription factor COE3, humanhuman

Predictions only

Length 596 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EBF3Q9H4W6 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC24.43■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC24.42■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC24.41■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC24.37■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC24.36■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC24.35■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC24.35■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
EBF3Q9H4W6 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.48
EBF3Q9H4W6 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
EBF3Q9H4W6 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
EBF3Q9H4W6 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.7 ms