Protein–RNA interactions for Protein: P55317

FOXA1, Hepatocyte nuclear factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 472 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
FOXA1P55317 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
FOXA1P55317 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
FOXA1P55317 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
FOXA1P55317 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
FOXA1P55317 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
FOXA1P55317 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
FOXA1P55317 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC22.75■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC22.74■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC22.7■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
FOXA1P55317 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
FOXA1P55317 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.3 ms