Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIG3P49916 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIG3P49916 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIG3P49916 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIG3P49916 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIG3P49916 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIG3P49916 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIG3P49916 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIG3P49916 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIG3P49916 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIG3P49916 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIG3P49916 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIG3P49916 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIG3P49916 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIG3P49916 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIG3P49916 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIG3P49916 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
LIG3P49916 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIG3P49916 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIG3P49916 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIG3P49916 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIG3P49916 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIG3P49916 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIG3P49916 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIG3P49916 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIG3P49916 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIG3P49916 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
LIG3P49916 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIG3P49916 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
LIG3P49916 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIG3P49916 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
LIG3P49916 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIG3P49916 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIG3P49916 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIG3P49916 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIG3P49916 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIG3P49916 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIG3P49916 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIG3P49916 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIG3P49916 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIG3P49916 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIG3P49916 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIG3P49916 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIG3P49916 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIG3P49916 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIG3P49916 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIG3P49916 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIG3P49916 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIG3P49916 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIG3P49916 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIG3P49916 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIG3P49916 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIG3P49916 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIG3P49916 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIG3P49916 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIG3P49916 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIG3P49916 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIG3P49916 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIG3P49916 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIG3P49916 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIG3P49916 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIG3P49916 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIG3P49916 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIG3P49916 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIG3P49916 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIG3P49916 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIG3P49916 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIG3P49916 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIG3P49916 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIG3P49916 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIG3P49916 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIG3P49916 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIG3P49916 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIG3P49916 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIG3P49916 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIG3P49916 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIG3P49916 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIG3P49916 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIG3P49916 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIG3P49916 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIG3P49916 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIG3P49916 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
LIG3P49916 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIG3P49916 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIG3P49916 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIG3P49916 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIG3P49916 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIG3P49916 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIG3P49916 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
LIG3P49916 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIG3P49916 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIG3P49916 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIG3P49916 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIG3P49916 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIG3P49916 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIG3P49916 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIG3P49916 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIG3P49916 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIG3P49916 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIG3P49916 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.6 ms