Protein–RNA interactions for Protein: P49754

VPS41, Vacuolar protein sorting-associated protein 41 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 854 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS41P49754 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS41P49754 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS41P49754 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS41P49754 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS41P49754 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS41P49754 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS41P49754 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS41P49754 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS41P49754 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS41P49754 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
VPS41P49754 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
VPS41P49754 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS41P49754 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS41P49754 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS41P49754 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS41P49754 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS41P49754 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS41P49754 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS41P49754 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS41P49754 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS41P49754 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS41P49754 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS41P49754 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS41P49754 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS41P49754 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS41P49754 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS41P49754 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS41P49754 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS41P49754 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS41P49754 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS41P49754 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS41P49754 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS41P49754 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS41P49754 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS41P49754 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS41P49754 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS41P49754 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS41P49754 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS41P49754 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS41P49754 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS41P49754 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS41P49754 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS41P49754 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS41P49754 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS41P49754 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS41P49754 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS41P49754 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS41P49754 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS41P49754 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS41P49754 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS41P49754 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS41P49754 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS41P49754 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS41P49754 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS41P49754 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS41P49754 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS41P49754 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS41P49754 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS41P49754 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS41P49754 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS41P49754 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS41P49754 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS41P49754 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS41P49754 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS41P49754 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS41P49754 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS41P49754 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS41P49754 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS41P49754 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS41P49754 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS41P49754 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS41P49754 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS41P49754 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS41P49754 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS41P49754 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS41P49754 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS41P49754 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS41P49754 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS41P49754 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS41P49754 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS41P49754 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS41P49754 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS41P49754 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS41P49754 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS41P49754 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS41P49754 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS41P49754 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS41P49754 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS41P49754 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS41P49754 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS41P49754 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS41P49754 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS41P49754 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS41P49754 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS41P49754 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS41P49754 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS41P49754 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS41P49754 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS41P49754 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS41P49754 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.1 ms