Protein–RNA interactions for Protein: P48059

LIMS1, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 325 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1P48059 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMS1P48059 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.7 ms