Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC41.47■■■■■ 4.23
CCDC88BA6NC98 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC41.47■■■■■ 4.23
CCDC88BA6NC98 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC41.47■■■■■ 4.23
CCDC88BA6NC98 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC41.46■■■■■ 4.23
CCDC88BA6NC98 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.45■■■■■ 4.23
CCDC88BA6NC98 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.45■■■■■ 4.23
CCDC88BA6NC98 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC41.44■■■■■ 4.22
CCDC88BA6NC98 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC41.44■■■■■ 4.22
CCDC88BA6NC98 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC41.43■■■■■ 4.22
CCDC88BA6NC98 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.43■■■■■ 4.22
CCDC88BA6NC98 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC41.43■■■■■ 4.22
CCDC88BA6NC98 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.43■■■■■ 4.22
CCDC88BA6NC98 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC41.42■■■■■ 4.22
CCDC88BA6NC98 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC41.42■■■■■ 4.22
CCDC88BA6NC98 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC41.42■■■■■ 4.22
CCDC88BA6NC98 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC41.42■■■■■ 4.22
CCDC88BA6NC98 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC41.41■■■■■ 4.22
CCDC88BA6NC98 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.41■■■■■ 4.22
CCDC88BA6NC98 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC41.41■■■■■ 4.22
CCDC88BA6NC98 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC41.41■■■■■ 4.22
CCDC88BA6NC98 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.4■■■■■ 4.22
CCDC88BA6NC98 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC41.4■■■■■ 4.22
CCDC88BA6NC98 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC41.4■■■■■ 4.22
CCDC88BA6NC98 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC41.4■■■■■ 4.22
CCDC88BA6NC98 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC41.4■■■■■ 4.22
CCDC88BA6NC98 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.39■■■■■ 4.22
CCDC88BA6NC98 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.39■■■■■ 4.22
CCDC88BA6NC98 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC41.39■■■■■ 4.22
CCDC88BA6NC98 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC41.39■■■■■ 4.22
CCDC88BA6NC98 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC41.38■■■■■ 4.22
CCDC88BA6NC98 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC41.38■■■■■ 4.21
CCDC88BA6NC98 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC41.37■■■■■ 4.21
CCDC88BA6NC98 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC41.36■■■■■ 4.21
CCDC88BA6NC98 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC41.36■■■■■ 4.21
CCDC88BA6NC98 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC41.35■■■■■ 4.21
CCDC88BA6NC98 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.35■■■■■ 4.21
CCDC88BA6NC98 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.35■■■■■ 4.21
CCDC88BA6NC98 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC41.35■■■■■ 4.21
CCDC88BA6NC98 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC41.34■■■■■ 4.21
CCDC88BA6NC98 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC41.34■■■■■ 4.21
CCDC88BA6NC98 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41.34■■■■■ 4.21
CCDC88BA6NC98 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC41.34■■■■■ 4.21
CCDC88BA6NC98 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC41.34■■■■■ 4.21
CCDC88BA6NC98 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.33■■■■■ 4.21
CCDC88BA6NC98 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.33■■■■■ 4.21
CCDC88BA6NC98 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC41.33■■■■■ 4.21
CCDC88BA6NC98 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC41.32■■■■■ 4.21
CCDC88BA6NC98 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC41.32■■■■■ 4.21
CCDC88BA6NC98 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC41.32■■■■■ 4.21
CCDC88BA6NC98 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC41.32■■■■■ 4.2
CCDC88BA6NC98 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC41.32■■■■■ 4.2
CCDC88BA6NC98 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC41.32■■■■■ 4.2
CCDC88BA6NC98 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC41.32■■■■■ 4.2
CCDC88BA6NC98 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC41.32■■■■■ 4.2
CCDC88BA6NC98 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.31■■■■■ 4.2
CCDC88BA6NC98 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC41.31■■■■■ 4.2
CCDC88BA6NC98 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.31■■■■■ 4.2
CCDC88BA6NC98 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC41.31■■■■■ 4.2
CCDC88BA6NC98 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC41.31■■■■■ 4.2
CCDC88BA6NC98 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC41.31■■■■■ 4.2
CCDC88BA6NC98 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC41.3■■■■■ 4.2
CCDC88BA6NC98 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC41.3■■■■■ 4.2
CCDC88BA6NC98 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC41.3■■■■■ 4.2
CCDC88BA6NC98 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC41.3■■■■■ 4.2
CCDC88BA6NC98 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.29■■■■■ 4.2
CCDC88BA6NC98 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.29■■■■■ 4.2
CCDC88BA6NC98 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC41.29■■■■■ 4.2
CCDC88BA6NC98 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.29■■■■■ 4.2
CCDC88BA6NC98 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.29■■■■■ 4.2
CCDC88BA6NC98 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC41.29■■■■■ 4.2
CCDC88BA6NC98 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.28■■■■■ 4.2
CCDC88BA6NC98 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC41.28■■■■■ 4.2
CCDC88BA6NC98 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC41.28■■■■■ 4.2
CCDC88BA6NC98 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC41.28■■■■■ 4.2
CCDC88BA6NC98 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC41.28■■■■■ 4.2
CCDC88BA6NC98 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC41.27■■■■■ 4.2
CCDC88BA6NC98 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41.27■■■■■ 4.2
CCDC88BA6NC98 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC41.27■■■■■ 4.2
CCDC88BA6NC98 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC41.27■■■■■ 4.2
CCDC88BA6NC98 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC41.27■■■■■ 4.2
CCDC88BA6NC98 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC41.27■■■■■ 4.2
CCDC88BA6NC98 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC41.26■■■■■ 4.2
CCDC88BA6NC98 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.26■■■■■ 4.2
CCDC88BA6NC98 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41.26■■■■■ 4.19
CCDC88BA6NC98 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.24■■■■■ 4.19
CCDC88BA6NC98 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC41.24■■■■■ 4.19
CCDC88BA6NC98 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC41.24■■■■■ 4.19
CCDC88BA6NC98 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.24■■■■■ 4.19
CCDC88BA6NC98 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC41.24■■■■■ 4.19
CCDC88BA6NC98 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.23■■■■■ 4.19
CCDC88BA6NC98 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC41.22■■■■■ 4.19
CCDC88BA6NC98 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.22■■■■■ 4.19
CCDC88BA6NC98 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.22■■■■■ 4.19
CCDC88BA6NC98 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC41.21■■■■■ 4.19
CCDC88BA6NC98 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41.21■■■■■ 4.19
CCDC88BA6NC98 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC41.21■■■■■ 4.19
CCDC88BA6NC98 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC41.21■■■■■ 4.19
CCDC88BA6NC98 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.21■■■■■ 4.19
CCDC88BA6NC98 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.21■■■■■ 4.19
CCDC88BA6NC98 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC41.21■■■■■ 4.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14 ms