Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.18■■■■□ 3.54
CHMP4AQ9BY43 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.17■■■■□ 3.54
CHMP4AQ9BY43 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC37.16■■■■□ 3.54
CHMP4AQ9BY43 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.14■■■■□ 3.54
CHMP4AQ9BY43 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.11■■■■□ 3.53
CHMP4AQ9BY43 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC37.1■■■■□ 3.53
CHMP4AQ9BY43 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.08■■■■□ 3.53
CHMP4AQ9BY43 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC37.08■■■■□ 3.53
CHMP4AQ9BY43 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.07■■■■□ 3.52
CHMP4AQ9BY43 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC37.06■■■■□ 3.52
CHMP4AQ9BY43 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC37.06■■■■□ 3.52
CHMP4AQ9BY43 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC37.06■■■■□ 3.52
CHMP4AQ9BY43 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.05■■■■□ 3.52
CHMP4AQ9BY43 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC37.02■■■■□ 3.52
CHMP4AQ9BY43 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.01■■■■□ 3.52
CHMP4AQ9BY43 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC36.98■■■■□ 3.51
CHMP4AQ9BY43 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.96■■■■□ 3.51
CHMP4AQ9BY43 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC36.96■■■■□ 3.51
CHMP4AQ9BY43 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC36.94■■■■□ 3.5
CHMP4AQ9BY43 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.93■■■■□ 3.5
CHMP4AQ9BY43 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC36.9■■■■□ 3.5
CHMP4AQ9BY43 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.9■■■■□ 3.5
CHMP4AQ9BY43 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC36.88■■■■□ 3.49
CHMP4AQ9BY43 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC36.86■■■■□ 3.49
CHMP4AQ9BY43 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.85■■■■□ 3.49
CHMP4AQ9BY43 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC36.85■■■■□ 3.49
CHMP4AQ9BY43 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC36.85■■■■□ 3.49
CHMP4AQ9BY43 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.83■■■■□ 3.49
CHMP4AQ9BY43 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC36.82■■■■□ 3.48
CHMP4AQ9BY43 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.79■■■■□ 3.48
CHMP4AQ9BY43 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC36.77■■■■□ 3.48
CHMP4AQ9BY43 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.75■■■■□ 3.47
CHMP4AQ9BY43 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.74■■■■□ 3.47
CHMP4AQ9BY43 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.73■■■■□ 3.47
CHMP4AQ9BY43 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC36.71■■■■□ 3.47
CHMP4AQ9BY43 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.7■■■■□ 3.47
CHMP4AQ9BY43 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.68■■■■□ 3.46
CHMP4AQ9BY43 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.66■■■■□ 3.46
CHMP4AQ9BY43 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC36.64■■■■□ 3.46
CHMP4AQ9BY43 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.52■■■■□ 3.44
CHMP4AQ9BY43 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC36.52■■■■□ 3.44
CHMP4AQ9BY43 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC36.5■■■■□ 3.43
CHMP4AQ9BY43 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC36.47■■■■□ 3.43
CHMP4AQ9BY43 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC36.47■■■■□ 3.43
CHMP4AQ9BY43 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.46■■■■□ 3.43
CHMP4AQ9BY43 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.44■■■■□ 3.42
CHMP4AQ9BY43 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.43■■■■□ 3.42
CHMP4AQ9BY43 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.42■■■■□ 3.42
CHMP4AQ9BY43 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.42■■■■□ 3.42
CHMP4AQ9BY43 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC36.42■■■■□ 3.42
CHMP4AQ9BY43 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC36.42■■■■□ 3.42
CHMP4AQ9BY43 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.41■■■■□ 3.42
CHMP4AQ9BY43 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC36.41■■■■□ 3.42
CHMP4AQ9BY43 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC36.41■■■■□ 3.42
CHMP4AQ9BY43 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.4■■■■□ 3.42
CHMP4AQ9BY43 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.39■■■■□ 3.42
CHMP4AQ9BY43 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC36.38■■■■□ 3.41
CHMP4AQ9BY43 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC36.37■■■■□ 3.41
CHMP4AQ9BY43 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC36.35■■■■□ 3.41
CHMP4AQ9BY43 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC36.34■■■■□ 3.41
CHMP4AQ9BY43 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.33■■■■□ 3.41
CHMP4AQ9BY43 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.32■■■■□ 3.4
CHMP4AQ9BY43 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
CHMP4AQ9BY43 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.29■■■■□ 3.4
CHMP4AQ9BY43 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC36.24■■■■□ 3.39
CHMP4AQ9BY43 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC36.24■■■■□ 3.39
CHMP4AQ9BY43 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.21■■■■□ 3.39
CHMP4AQ9BY43 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC36.2■■■■□ 3.39
CHMP4AQ9BY43 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.39
CHMP4AQ9BY43 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC36.17■■■■□ 3.38
CHMP4AQ9BY43 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC36.16■■■■□ 3.38
CHMP4AQ9BY43 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC36.11■■■■□ 3.37
CHMP4AQ9BY43 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
CHMP4AQ9BY43 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.08■■■■□ 3.37
CHMP4AQ9BY43 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC36.07■■■■□ 3.36
CHMP4AQ9BY43 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.07■■■■□ 3.36
CHMP4AQ9BY43 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC36.05■■■■□ 3.36
CHMP4AQ9BY43 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.01■■■■□ 3.35
CHMP4AQ9BY43 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36■■■■□ 3.35
CHMP4AQ9BY43 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC35.98■■■■□ 3.35
CHMP4AQ9BY43 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
CHMP4AQ9BY43 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC35.98■■■■□ 3.35
CHMP4AQ9BY43 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC35.97■■■■□ 3.35
CHMP4AQ9BY43 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.95■■■■□ 3.35
CHMP4AQ9BY43 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC35.95■■■■□ 3.35
CHMP4AQ9BY43 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC35.94■■■■□ 3.34
CHMP4AQ9BY43 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC35.89■■■■□ 3.34
CHMP4AQ9BY43 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC35.86■■■■□ 3.33
CHMP4AQ9BY43 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.84■■■■□ 3.33
CHMP4AQ9BY43 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.83■■■■□ 3.33
CHMP4AQ9BY43 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC35.83■■■■□ 3.33
CHMP4AQ9BY43 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC35.79■■■■□ 3.32
CHMP4AQ9BY43 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.77■■■■□ 3.32
CHMP4AQ9BY43 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC35.76■■■■□ 3.32
CHMP4AQ9BY43 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC35.76■■■■□ 3.31
CHMP4AQ9BY43 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC35.73■■■■□ 3.31
CHMP4AQ9BY43 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.72■■■■□ 3.31
CHMP4AQ9BY43 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.68■■■■□ 3.3
CHMP4AQ9BY43 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
CHMP4AQ9BY43 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 87.4 ms