Protein–RNA interactions for Protein: O75161

NPHP4, Nephrocystin-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,426 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP4O75161 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC43.05■■■■■ 4.48
NPHP4O75161 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC43.02■■■■■ 4.48
NPHP4O75161 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC42.99■■■■■ 4.47
NPHP4O75161 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC42.96■■■■■ 4.47
NPHP4O75161 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC42.95■■■■■ 4.47
NPHP4O75161 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC42.9■■■■■ 4.46
NPHP4O75161 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC42.9■■■■■ 4.46
NPHP4O75161 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.85■■■■■ 4.45
NPHP4O75161 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC42.83■■■■■ 4.45
NPHP4O75161 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.82■■■■■ 4.45
NPHP4O75161 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC42.66■■■■■ 4.42
NPHP4O75161 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC42.56■■■■■ 4.4
NPHP4O75161 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC42.55■■■■■ 4.4
NPHP4O75161 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC42.54■■■■■ 4.4
NPHP4O75161 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.53■■■■■ 4.4
NPHP4O75161 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC42.49■■■■■ 4.39
NPHP4O75161 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC42.46■■■■■ 4.39
NPHP4O75161 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC42.46■■■■■ 4.39
NPHP4O75161 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC42.43■■■■■ 4.38
NPHP4O75161 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC42.35■■■■■ 4.37
NPHP4O75161 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC42.34■■■■■ 4.37
NPHP4O75161 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.33■■■■■ 4.37
NPHP4O75161 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC42.32■■■■■ 4.37
NPHP4O75161 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.31■■■■■ 4.36
NPHP4O75161 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.27■■■■■ 4.36
NPHP4O75161 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC42.24■■■■■ 4.35
NPHP4O75161 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC42.2■■■■■ 4.35
NPHP4O75161 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.19■■■■■ 4.34
NPHP4O75161 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.18■■■■■ 4.34
NPHP4O75161 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC42.18■■■■■ 4.34
NPHP4O75161 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.16■■■■■ 4.34
NPHP4O75161 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC42.15■■■■■ 4.34
NPHP4O75161 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC42.12■■■■■ 4.33
NPHP4O75161 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.11■■■■■ 4.33
NPHP4O75161 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.11■■■■■ 4.33
NPHP4O75161 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC42.11■■■■■ 4.33
NPHP4O75161 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC42.1■■■■■ 4.33
NPHP4O75161 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC42.07■■■■■ 4.33
NPHP4O75161 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC42.04■■■■■ 4.32
NPHP4O75161 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC42.03■■■■■ 4.32
NPHP4O75161 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC42.01■■■■■ 4.32
NPHP4O75161 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.95■■■■■ 4.31
NPHP4O75161 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC41.94■■■■■ 4.3
NPHP4O75161 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC41.92■■■■■ 4.3
NPHP4O75161 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC41.92■■■■■ 4.3
NPHP4O75161 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC41.89■■■■■ 4.3
NPHP4O75161 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC41.86■■■■■ 4.29
NPHP4O75161 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC41.84■■■■■ 4.29
NPHP4O75161 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.84■■■■■ 4.29
NPHP4O75161 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC41.82■■■■■ 4.29
NPHP4O75161 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC41.8■■■■■ 4.28
NPHP4O75161 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC41.8■■■■■ 4.28
NPHP4O75161 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC41.79■■■■■ 4.28
NPHP4O75161 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC41.76■■■■■ 4.28
NPHP4O75161 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC41.75■■■■■ 4.27
NPHP4O75161 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC41.73■■■■■ 4.27
NPHP4O75161 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC41.72■■■■■ 4.27
NPHP4O75161 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.7■■■■■ 4.27
NPHP4O75161 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.68■■■■■ 4.26
NPHP4O75161 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC41.67■■■■■ 4.26
NPHP4O75161 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC41.63■■■■■ 4.26
NPHP4O75161 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC41.61■■■■■ 4.25
NPHP4O75161 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.58■■■■■ 4.25
NPHP4O75161 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC41.57■■■■■ 4.25
NPHP4O75161 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.55■■■■■ 4.24
NPHP4O75161 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC41.54■■■■■ 4.24
NPHP4O75161 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC41.54■■■■■ 4.24
NPHP4O75161 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC41.53■■■■■ 4.24
NPHP4O75161 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC41.44■■■■■ 4.22
NPHP4O75161 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC41.41■■■■■ 4.22
NPHP4O75161 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.41■■■■■ 4.22
NPHP4O75161 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.39■■■■■ 4.22
NPHP4O75161 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.37■■■■■ 4.21
NPHP4O75161 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC41.36■■■■■ 4.21
NPHP4O75161 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.35■■■■■ 4.21
NPHP4O75161 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC41.35■■■■■ 4.21
NPHP4O75161 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC41.34■■■■■ 4.21
NPHP4O75161 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC41.32■■■■■ 4.21
NPHP4O75161 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC41.31■■■■■ 4.2
NPHP4O75161 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC41.31■■■■■ 4.2
NPHP4O75161 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.31■■■■■ 4.2
NPHP4O75161 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC41.3■■■■■ 4.2
NPHP4O75161 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC41.3■■■■■ 4.2
NPHP4O75161 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC41.29■■■■■ 4.2
NPHP4O75161 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC41.29■■■■■ 4.2
NPHP4O75161 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.25■■■■■ 4.19
NPHP4O75161 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC41.25■■■■■ 4.19
NPHP4O75161 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC41.21■■■■■ 4.19
NPHP4O75161 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC41.2■■■■■ 4.19
NPHP4O75161 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.18■■■■■ 4.18
NPHP4O75161 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC41.18■■■■■ 4.18
NPHP4O75161 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC41.17■■■■■ 4.18
NPHP4O75161 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC41.15■■■■■ 4.18
NPHP4O75161 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC41.08■■■■■ 4.17
NPHP4O75161 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC41.06■■■■■ 4.16
NPHP4O75161 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.06■■■■■ 4.16
NPHP4O75161 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC41.06■■■■■ 4.16
NPHP4O75161 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC41.02■■■■■ 4.16
NPHP4O75161 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC41■■■■■ 4.15
NPHP4O75161 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC40.99■■■■■ 4.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.4 ms