Protein–RNA interactions for Protein: O60663

LMX1B, LIM homeobox transcription factor 1-beta, humanhuman

Predictions only

Length 402 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMX1BO60663 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC25.19■■□□□ 1.62
LMX1BO60663 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
LMX1BO60663 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
LMX1BO60663 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
LMX1BO60663 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
LMX1BO60663 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
LMX1BO60663 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
LMX1BO60663 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
LMX1BO60663 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC25.08■■□□□ 1.61
LMX1BO60663 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
LMX1BO60663 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
LMX1BO60663 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
LMX1BO60663 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
LMX1BO60663 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
LMX1BO60663 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
LMX1BO60663 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC24.98■■□□□ 1.59
LMX1BO60663 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
LMX1BO60663 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.59
LMX1BO60663 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
LMX1BO60663 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
LMX1BO60663 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
LMX1BO60663 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LMX1BO60663 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LMX1BO60663 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
LMX1BO60663 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
LMX1BO60663 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
LMX1BO60663 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
LMX1BO60663 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
LMX1BO60663 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
LMX1BO60663 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
LMX1BO60663 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
LMX1BO60663 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
LMX1BO60663 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
LMX1BO60663 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
LMX1BO60663 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
LMX1BO60663 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
LMX1BO60663 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
LMX1BO60663 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
LMX1BO60663 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
LMX1BO60663 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
LMX1BO60663 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
LMX1BO60663 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
LMX1BO60663 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
LMX1BO60663 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
LMX1BO60663 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
LMX1BO60663 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
LMX1BO60663 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
LMX1BO60663 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
LMX1BO60663 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LMX1BO60663 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
LMX1BO60663 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
LMX1BO60663 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
LMX1BO60663 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
LMX1BO60663 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
LMX1BO60663 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
LMX1BO60663 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
LMX1BO60663 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
LMX1BO60663 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
LMX1BO60663 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
LMX1BO60663 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
LMX1BO60663 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
LMX1BO60663 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
LMX1BO60663 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
LMX1BO60663 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
LMX1BO60663 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
LMX1BO60663 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
LMX1BO60663 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LMX1BO60663 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
LMX1BO60663 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LMX1BO60663 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
LMX1BO60663 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
LMX1BO60663 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
LMX1BO60663 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
LMX1BO60663 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
LMX1BO60663 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
LMX1BO60663 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LMX1BO60663 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LMX1BO60663 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LMX1BO60663 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LMX1BO60663 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
LMX1BO60663 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
LMX1BO60663 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
LMX1BO60663 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LMX1BO60663 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
LMX1BO60663 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LMX1BO60663 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LMX1BO60663 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LMX1BO60663 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LMX1BO60663 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LMX1BO60663 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LMX1BO60663 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LMX1BO60663 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LMX1BO60663 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LMX1BO60663 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LMX1BO60663 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.51
LMX1BO60663 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LMX1BO60663 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LMX1BO60663 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LMX1BO60663 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
LMX1BO60663 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.6 ms