Protein–RNA interactions for Protein: O43196

MSH5, MutS protein homolog 5, humanhuman

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH5O43196 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.39■■■■□ 3.74
MSH5O43196 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.38■■■■□ 3.74
MSH5O43196 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.33■■■■□ 3.73
MSH5O43196 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.32■■■■□ 3.72
MSH5O43196 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38.32■■■■□ 3.72
MSH5O43196 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC38.31■■■■□ 3.72
MSH5O43196 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC38.31■■■■□ 3.72
MSH5O43196 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.25■■■■□ 3.71
MSH5O43196 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC38.25■■■■□ 3.71
MSH5O43196 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC38.21■■■■□ 3.71
MSH5O43196 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC38.2■■■■□ 3.71
MSH5O43196 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.2■■■■□ 3.71
MSH5O43196 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC38.2■■■■□ 3.71
MSH5O43196 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.18■■■■□ 3.7
MSH5O43196 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC38.18■■■■□ 3.7
MSH5O43196 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.17■■■■□ 3.7
MSH5O43196 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC38.17■■■■□ 3.7
MSH5O43196 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.16■■■■□ 3.7
MSH5O43196 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC38.15■■■■□ 3.7
MSH5O43196 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC38.14■■■■□ 3.7
MSH5O43196 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.13■■■■□ 3.69
MSH5O43196 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC38.13■■■■□ 3.69
MSH5O43196 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC38.11■■■■□ 3.69
MSH5O43196 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC38.11■■■■□ 3.69
MSH5O43196 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC38.1■■■■□ 3.69
MSH5O43196 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC38.1■■■■□ 3.69
MSH5O43196 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC38.07■■■■□ 3.68
MSH5O43196 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.06■■■■□ 3.68
MSH5O43196 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC38.05■■■■□ 3.68
MSH5O43196 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.03■■■■□ 3.68
MSH5O43196 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC38.02■■■■□ 3.68
MSH5O43196 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC38.01■■■■□ 3.68
MSH5O43196 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC38■■■■□ 3.67
MSH5O43196 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38■■■■□ 3.67
MSH5O43196 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC37.99■■■■□ 3.67
MSH5O43196 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.98■■■■□ 3.67
MSH5O43196 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.96■■■■□ 3.67
MSH5O43196 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC37.96■■■■□ 3.67
MSH5O43196 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC37.95■■■■□ 3.67
MSH5O43196 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.93■■■■□ 3.66
MSH5O43196 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.85■■■■□ 3.65
MSH5O43196 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC37.83■■■■□ 3.65
MSH5O43196 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC37.79■■■■□ 3.64
MSH5O43196 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC37.79■■■■□ 3.64
MSH5O43196 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC37.78■■■■□ 3.64
MSH5O43196 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.75■■■■□ 3.63
MSH5O43196 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC37.73■■■■□ 3.63
MSH5O43196 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC37.7■■■■□ 3.63
MSH5O43196 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.7■■■■□ 3.63
MSH5O43196 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC37.69■■■■□ 3.62
MSH5O43196 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.63■■■■□ 3.61
MSH5O43196 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.62■■■■□ 3.61
MSH5O43196 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.62■■■■□ 3.61
MSH5O43196 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.61■■■■□ 3.61
MSH5O43196 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.61■■■■□ 3.61
MSH5O43196 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC37.59■■■■□ 3.61
MSH5O43196 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC37.58■■■■□ 3.61
MSH5O43196 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC37.58■■■■□ 3.61
MSH5O43196 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.58■■■■□ 3.61
MSH5O43196 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.56■■■■□ 3.6
MSH5O43196 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC37.54■■■■□ 3.6
MSH5O43196 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.53■■■■□ 3.6
MSH5O43196 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC37.52■■■■□ 3.6
MSH5O43196 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC37.52■■■■□ 3.6
MSH5O43196 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.51■■■■□ 3.59
MSH5O43196 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC37.51■■■■□ 3.59
MSH5O43196 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC37.49■■■■□ 3.59
MSH5O43196 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.47■■■■□ 3.59
MSH5O43196 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.46■■■■□ 3.59
MSH5O43196 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC37.46■■■■□ 3.59
MSH5O43196 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.44■■■■□ 3.58
MSH5O43196 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC37.44■■■■□ 3.58
MSH5O43196 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC37.44■■■■□ 3.58
MSH5O43196 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC37.4■■■■□ 3.58
MSH5O43196 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.38■■■■□ 3.57
MSH5O43196 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC37.37■■■■□ 3.57
MSH5O43196 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.37■■■■□ 3.57
MSH5O43196 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC37.37■■■■□ 3.57
MSH5O43196 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC37.37■■■■□ 3.57
MSH5O43196 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.36■■■■□ 3.57
MSH5O43196 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.35■■■■□ 3.57
MSH5O43196 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.33■■■■□ 3.57
MSH5O43196 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.33■■■■□ 3.57
MSH5O43196 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.32■■■■□ 3.57
MSH5O43196 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.29■■■■□ 3.56
MSH5O43196 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC37.28■■■■□ 3.56
MSH5O43196 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.25■■■■□ 3.55
MSH5O43196 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC37.25■■■■□ 3.55
MSH5O43196 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC37.24■■■■□ 3.55
MSH5O43196 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC37.24■■■■□ 3.55
MSH5O43196 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC37.23■■■■□ 3.55
MSH5O43196 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.21■■■■□ 3.55
MSH5O43196 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC37.19■■■■□ 3.54
MSH5O43196 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC37.18■■■■□ 3.54
MSH5O43196 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC37.18■■■■□ 3.54
MSH5O43196 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.17■■■■□ 3.54
MSH5O43196 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC37.14■■■■□ 3.54
MSH5O43196 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC37.14■■■■□ 3.54
MSH5O43196 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC37.13■■■■□ 3.53
MSH5O43196 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC37.12■■■■□ 3.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.3 ms