Protein–RNA interactions for Protein: A2RU48

SMCO3, Single-pass membrane and coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 225 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMCO3A2RU48 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMCO3A2RU48 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMCO3A2RU48 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMCO3A2RU48 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SMCO3A2RU48 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SMCO3A2RU48 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SMCO3A2RU48 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMCO3A2RU48 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMCO3A2RU48 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMCO3A2RU48 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMCO3A2RU48 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SMCO3A2RU48 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SMCO3A2RU48 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMCO3A2RU48 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SMCO3A2RU48 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMCO3A2RU48 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SMCO3A2RU48 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SMCO3A2RU48 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SMCO3A2RU48 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SMCO3A2RU48 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SMCO3A2RU48 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SMCO3A2RU48 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SMCO3A2RU48 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
SMCO3A2RU48 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SMCO3A2RU48 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC22.95■■□□□ 1.26
SMCO3A2RU48 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SMCO3A2RU48 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
SMCO3A2RU48 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SMCO3A2RU48 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SMCO3A2RU48 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SMCO3A2RU48 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
SMCO3A2RU48 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SMCO3A2RU48 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SMCO3A2RU48 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SMCO3A2RU48 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SMCO3A2RU48 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SMCO3A2RU48 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SMCO3A2RU48 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
SMCO3A2RU48 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
SMCO3A2RU48 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SMCO3A2RU48 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SMCO3A2RU48 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SMCO3A2RU48 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SMCO3A2RU48 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SMCO3A2RU48 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SMCO3A2RU48 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SMCO3A2RU48 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SMCO3A2RU48 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
SMCO3A2RU48 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SMCO3A2RU48 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SMCO3A2RU48 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
SMCO3A2RU48 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SMCO3A2RU48 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SMCO3A2RU48 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
SMCO3A2RU48 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMCO3A2RU48 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMCO3A2RU48 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMCO3A2RU48 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMCO3A2RU48 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMCO3A2RU48 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMCO3A2RU48 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMCO3A2RU48 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SMCO3A2RU48 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SMCO3A2RU48 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMCO3A2RU48 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMCO3A2RU48 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SMCO3A2RU48 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SMCO3A2RU48 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SMCO3A2RU48 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SMCO3A2RU48 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMCO3A2RU48 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMCO3A2RU48 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SMCO3A2RU48 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SMCO3A2RU48 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SMCO3A2RU48 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SMCO3A2RU48 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMCO3A2RU48 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMCO3A2RU48 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMCO3A2RU48 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMCO3A2RU48 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMCO3A2RU48 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMCO3A2RU48 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMCO3A2RU48 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMCO3A2RU48 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMCO3A2RU48 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMCO3A2RU48 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMCO3A2RU48 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMCO3A2RU48 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMCO3A2RU48 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMCO3A2RU48 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMCO3A2RU48 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMCO3A2RU48 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SMCO3A2RU48 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMCO3A2RU48 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMCO3A2RU48 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMCO3A2RU48 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMCO3A2RU48 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMCO3A2RU48 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMCO3A2RU48 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMCO3A2RU48 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.6 ms