Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 KRT82-201ENST00000257974 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 CENPT-202ENST00000440851 2200 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 GPX3-210ENST00000622181 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 TEAD3-204ENST00000639578 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 FOLH1-201ENST00000256999 2635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 LAMC1-201ENST00000258341 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 HACE1-201ENST00000262903 4576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 GMPPA-202ENST00000341142 1524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 RFX1-201ENST00000254325 4332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 DMTN-204ENST00000415253 2394 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 PDLIM7-201ENST00000355572 977 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 RPP38-203ENST00000378202 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 HLA-H-201ENST00000383620 1096 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 PTMS-202ENST00000389462 773 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 YBX2P1-201ENST00000394192 760 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 AL158071.2-201ENST00000423380 815 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 AL391335.1-201ENST00000504583 535 ntTSL 4 BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 HELT-204ENST00000515777 841 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 PGAM5P1-201ENST00000518923 814 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 AC023824.1-201ENST00000562945 2975 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 COQ9-214ENST00000567933 882 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 HNRNPH1-250ENST00000630639 123 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 POP4-201ENST00000221770 2321 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 PAK6-203ENST00000542403 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 KLK3-202ENST00000360617 1664 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 GRAMD1C-201ENST00000358160 4177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 STEAP3-202ENST00000393107 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 ATP6AP2-226ENST00000637526 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 RXRA-202ENST00000481739 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 NFE2-203ENST00000540264 1833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 CNN1-210ENST00000592923 1848 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 CNOT8-202ENST00000403027 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 C6orf106-203ENST00000374026 4232 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 TSC2-201ENST00000219476 6156 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 EPB41L4A-AS1-201ENST00000413221 2969 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 AC023024.1-201ENST00000558838 2590 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 FAM215B-201ENST00000458392 2183 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 SNRPD3-201ENST00000215829 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 AC105202.1-204ENST00000502167 1781 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 KIAA0391-202ENST00000321130 1589 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 ALDH2-202ENST00000416293 1572 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
SDC1P18827 GCLM-201ENST00000370238 4857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 ADARB1-202ENST00000360697 6604 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 CDCP2-201ENST00000371330 2723 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 TNIP1-217ENST00000523200 1743 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 FOLH1-202ENST00000340334 2697 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 PLAGL1-206ENST00000416623 3237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 TMEM143-203ENST00000435956 2272 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 RAB3IP-202ENST00000362025 2055 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 SLIT3-201ENST00000332966 4895 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 PRKAG3-206ENST00000529249 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 ABHD11-201ENST00000222800 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 AL162457.1-201ENST00000317652 2000 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 MLPH-203ENST00000409373 2031 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 IL12RB2-201ENST00000262345 4040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 KIAA1586-201ENST00000370733 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 CGREF1-201ENST00000260595 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 KLHL7-201ENST00000322275 969 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 CCDC84-201ENST00000334418 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 IMP4-203ENST00000409935 958 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 AC078942.1-201ENST00000448698 589 ntTSL 4 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 AC091729.1-201ENST00000449721 869 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 LINC01640-201ENST00000452505 550 ntTSL 4 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 AGGF1-204ENST00000506806 1142 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 RPS3A-212ENST00000514682 985 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 AKIP1-211ENST00000534506 576 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 HNRNPDL-206ENST00000602300 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 LINC00623-204ENST00000617702 746 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 MAPKAPK5-207ENST00000551404 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 AC092718.8-201ENST00000640345 2892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 M6PR-202ENST00000536844 2305 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 CHID1-215ENST00000528581 1431 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 HMGA1-202ENST00000347617 1773 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 CYP4F24P-201ENST00000586049 1580 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 RASA4B-207ENST00000541662 2794 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 STK4-AS1-201ENST00000434401 2065 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 CLEC17A-202ENST00000417570 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 ARHGAP9-201ENST00000393791 2597 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 LINGO1-201ENST00000355300 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 DUS2-202ENST00000432752 1864 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 TNRC18P2-201ENST00000417666 2714 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
SDC1P18827 RUNDC3B-202ENST00000338056 4099 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
SDC1P18827 MXD1-201ENST00000264444 5587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SDC1P18827 AC006058.4-201ENST00000624016 1670 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
SDC1P18827 ACSM2B-207ENST00000565232 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
SDC1P18827 MFSD4A-207ENST00000536357 1841 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
SDC1P18827 AHR-201ENST00000242057 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SDC1P18827 SIK3-201ENST00000375300 6213 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
SDC1P18827 NIPAL4-201ENST00000311946 3274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SDC1P18827 COL2A1-202ENST00000380518 5071 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SDC1P18827 ATP2A2-204ENST00000539276 4094 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SDC1P18827 SEMA7A-201ENST00000261918 3885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SDC1P18827 KRT8-205ENST00000546897 1755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
SDC1P18827 MKS1-204ENST00000537529 2083 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SDC1P18827 RPS27A-201ENST00000272317 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SDC1P18827 PRSS55-201ENST00000328655 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.5 ms