Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY09

COL28A1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,125 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL28A1Q2UY09 HACD3-202ENST00000442729 1332 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 DKFZP434K028-202ENST00000536405 2466 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 PLXND1-201ENST00000324093 7094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 ALDH3A1-205ENST00000444455 1771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 RHBG-204ENST00000537040 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 SYNC-202ENST00000409190 3398 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 UBA6-AS1-201ENST00000498917 1445 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 PPP1R27-202ENST00000570394 1443 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 DIDO1-201ENST00000266070 8574 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 CD34-202ENST00000356522 2874 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 GMIP-204ENST00000587238 2987 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 DOLK-201ENST00000372586 2090 ntAPPRIS P1 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 BSG-203ENST00000353555 1616 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 SYVN1-203ENST00000377190 3052 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 PITPNC1-203ENST00000580974 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 LIN54-204ENST00000505397 2742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 LCE1A-201ENST00000335123 422 ntAPPRIS P1 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 NRN1L-201ENST00000339176 710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 VAPA-201ENST00000340541 1227 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 TSPAN4-201ENST00000346501 882 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 RBM8A-201ENST00000369307 796 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 AL080243.2-201ENST00000418783 582 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 Z82214.2-201ENST00000420269 531 ntTSL 4 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 DIRC3-201ENST00000423123 552 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 AL451069.2-201ENST00000428814 297 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 PRSS48-202ENST00000455694 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 SERF1B-208ENST00000515588 792 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 AC079296.1-201ENST00000531592 560 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 RAB35-202ENST00000534951 939 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 TBC1D16-203ENST00000570373 961 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 MIR3909-201ENST00000579518 119 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 DM1-AS-201ENST00000586251 483 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 ZNF586-205ENST00000598885 578 ntTSL 4 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 WFDC1-204ENST00000613603 549 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 SNRPF-201ENST00000266735 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 TMEM132D-202ENST00000422113 5776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 SLC4A5-203ENST00000377632 3123 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 SCUBE2-207ENST00000520467 3148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 CNP-201ENST00000393888 2583 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 PCDHA13-202ENST00000409494 4884 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 CTSB-228ENST00000533455 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 SLC45A1-202ENST00000471889 2784 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 ASB16-AS1-201ENST00000585457 2213 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 AC074117.1-201ENST00000447070 3060 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 GJB3-201ENST00000373362 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 RAB3IP-207ENST00000483530 1755 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 CPEB2-204ENST00000382401 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 BNIP2-212ENST00000607373 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 AC093525.8-201ENST00000624099 1342 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 SLC27A2-201ENST00000267842 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 SLC9A2-201ENST00000233969 5410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 RAD51D-218ENST00000590016 1528 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 ADCY1-204ENST00000621543 1647 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 EIF4A3-201ENST00000269349 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 MYOD1-201ENST00000250003 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 BCRP2-201ENST00000398241 1842 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 PAX4-202ENST00000341640 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 CDKN1A-204ENST00000448526 2104 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 DIRC2-201ENST00000261038 3596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 CRTC3-201ENST00000268184 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 GLS2-217ENST00000623608 2518 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 CNTNAP3B-201ENST00000276974 3240 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 DENND1A-202ENST00000373620 3612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 OR10H1-201ENST00000334920 1124 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 NTMT1-201ENST00000372480 852 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 MRNIP-202ENST00000376931 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 PIR-201ENST00000380420 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 CSHL1-204ENST00000392824 823 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 MORN2-204ENST00000409665 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 AC114730.3-201ENST00000435195 584 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 HSPB7-207ENST00000487046 844 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 SERF1A-205ENST00000507348 663 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 AC006064.3-201ENST00000537921 477 ntTSL 4 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 AL079307.3-201ENST00000556114 283 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 PIGL-212ENST00000581006 554 ntTSL 4 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 AC012615.4-201ENST00000586694 607 ntTSL 4 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 AC010327.1-201ENST00000587871 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 AC006453.2-202ENST00000635968 827 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 NFIX-209ENST00000587760 1487 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 SSR4-201ENST00000320857 1671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 EPHX1-206ENST00000614058 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 ABTB1-201ENST00000232744 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 ZC3H7B-201ENST00000352645 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 ETV3L-201ENST00000454449 1976 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 NUP62-211ENST00000597029 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 CAPRIN1-207ENST00000529307 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 UPK3B-202ENST00000334348 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 PDPK2P-201ENST00000382326 2387 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 LSM12-204ENST00000591247 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 NAP1L4-222ENST00000620138 2479 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 AC092850.2-201ENST00000623821 2697 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 KCNMA1-201ENST00000286627 6194 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 EFEMP1-202ENST00000394555 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 SEC23A-203ENST00000545328 2734 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 MOCS1-206ENST00000425303 1920 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 C9orf62-201ENST00000623103 1924 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 CES1-202ENST00000361503 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 MUC1-228ENST00000620103 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL28A1Q2UY09 CLN3-201ENST00000333496 1608 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.8 ms