Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 AP000346.4-201ENST00000614827 381 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 CRYM-201ENST00000219599 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 MRPS21-201ENST00000581066 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 MTFR2-203ENST00000420702 1793 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 HOXB6-203ENST00000484302 1960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 CBFB-202ENST00000412916 2971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 NOMO2-212ENST00000622306 4252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 KCTD2-201ENST00000322444 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 P4HA2-201ENST00000166534 2230 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 ARHGEF28-204ENST00000437974 5792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 USP32-201ENST00000300896 5171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 LITAF-202ENST00000381810 1527 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 TM6SF2-201ENST00000389363 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 IDH3G-204ENST00000427365 1526 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 ITGB5-201ENST00000296181 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 UBXN11-207ENST00000374223 1312 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 PHF20L1-201ENST00000220847 3297 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 ZNF668-201ENST00000300849 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 CACNA1A-246ENST00000637736 8340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 ZSCAN10-202ENST00000538082 2350 ntTSL 4 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 DUOXA2-201ENST00000323030 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 GTPBP8-202ENST00000383677 1787 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 TOR3A-203ENST00000367627 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 ANAPC2-201ENST00000323927 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 DAG1-220ENST00000539901 5665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 KCNMA1-278ENST00000640141 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 NUDT1-201ENST00000339737 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 APOBEC3H-201ENST00000348946 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 UFM1-202ENST00000379649 846 ntTSL 4 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 PSMG4-203ENST00000380306 726 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 GEMIN7-202ENST00000391951 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 CHCHD2-201ENST00000395422 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 NUDT1-205ENST00000397048 783 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 AL109935.1-201ENST00000413249 473 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 LARGE-AS1-202ENST00000424291 1065 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 AC097065.1-201ENST00000425737 517 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 LINC00972-202ENST00000438065 788 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 AC092910.3-202ENST00000469070 982 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 SUPT4H1P2-201ENST00000501248 353 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 CCDC153-204ENST00000503566 1295 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 WSPAR-201ENST00000513561 683 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 AC006487.1-201ENST00000514506 1221 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 MPZL3-203ENST00000525386 973 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 AKIP1-211ENST00000534506 576 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 PAFAH1B3-202ENST00000538771 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 LINC01475-201ENST00000548010 766 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 AC012379.2-201ENST00000560237 765 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 AC012173.1-201ENST00000567942 430 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 AC092337.1-201ENST00000568699 1129 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 AC024267.1-201ENST00000582320 895 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 C19orf70-206ENST00000590389 769 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 AC136475.1-202ENST00000602429 1151 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 HADH-212ENST00000638621 741 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 CBS-201ENST00000352178 2583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 RAB4B-EGLN2-201ENST00000594136 2554 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 CYB5R3-204ENST00000407332 1849 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 CCKAR-201ENST00000295589 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 OBSL1-201ENST00000289656 2274 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 CKMT2-202ENST00000424301 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 TMED3-203ENST00000536821 2265 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 MAN2A1-201ENST00000261483 4667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 PPIF-201ENST00000225174 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 AL603756.1-201ENST00000606511 2163 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 IMPDH1P4-201ENST00000445028 1534 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 PRRC2A-201ENST00000376007 6861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 AC068987.4-201ENST00000562343 2094 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 DEK-201ENST00000244776 1441 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 FTSJ1-201ENST00000019019 1986 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 CRTC3-201ENST00000268184 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 MPL-202ENST00000413998 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 EHD2-202ENST00000538399 1766 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 C2CD2L-201ENST00000336702 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 IFFO1-201ENST00000336604 2686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 ZBTB11-202ENST00000461821 2115 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 HMBS-209ENST00000537841 1559 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 BX276092.9-201ENST00000636797 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 CXorf67-201ENST00000342995 1929 ntAPPRIS P1 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 GALNT14-201ENST00000324589 2169 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 ARHGEF18-202ENST00000359920 5733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 QRFPR-202ENST00000394427 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 NFIC-203ENST00000443272 1716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 PACRGL-202ENST00000360916 2073 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 EVPL-202ENST00000586740 6223 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 MFSD14A-201ENST00000370152 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 TMEM40-201ENST00000264728 984 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 KLRF1-201ENST00000279545 1091 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 MRPL55-202ENST00000336300 722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 NGDN-202ENST00000408901 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 EHMT2-AS1-201ENST00000434689 373 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 AL161908.2-201ENST00000457964 394 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL9A1P20849 AC005920.3-202ENST00000512717 789 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.5 ms