Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 WDR81-206ENST00000446363 2968 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 ACAD9-201ENST00000308982 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 ACTR3-208ENST00000535589 1530 ntTSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 TYSND1-201ENST00000287078 3644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 CALY-202ENST00000368555 783 ntTSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 COLEC11-205ENST00000402922 1134 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AC020915.1-202ENST00000427361 922 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AC009118.2-201ENST00000613275 655 ntBASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AL662799.1-202ENST00000614205 422 ntBASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 HIST1H2AB-201ENST00000615868 393 ntAPPRIS P1 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 GRAMD2B-217ENST00000515200 3109 ntTSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 DIAPH2-205ENST00000373061 4983 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 FBLN1-202ENST00000327858 2896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 FAM104A-202ENST00000405159 2865 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 TBC1D4-204ENST00000431480 6347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 SLC3A2-203ENST00000377890 2161 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 NTNG1-202ENST00000370065 1485 ntTSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AC092143.3-201ENST00000565150 1900 ntTSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 IL12RB2-205ENST00000541374 3849 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 PLIN1-202ENST00000430628 2900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 IQCC-202ENST00000537469 2252 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 ACSF3-204ENST00000406948 2247 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 WDR20-211ENST00000556807 2382 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 CACFD1-202ENST00000316948 2794 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 CPVL-202ENST00000396276 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 ELK1-203ENST00000376983 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 COPS7B-206ENST00000410017 2051 ntTSL 3 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 PYCR1-201ENST00000329875 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 SH2D2A-202ENST00000368199 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 FAM131A-203ENST00000383847 1483 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 LRRC30-201ENST00000383467 923 ntAPPRIS P1 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 KRTAP6-3-201ENST00000391624 636 ntAPPRIS P1 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 C3orf67-212ENST00000491845 832 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AC068228.2-201ENST00000522383 777 ntTSL 3 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 HILS1-202ENST00000545329 423 ntBASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 SLC8B1-206ENST00000549069 1058 ntTSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 TUBB3-203ENST00000553967 736 ntTSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 MRPL52-211ENST00000555536 451 ntTSL 3 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 Z97055.2-201ENST00000563715 859 ntTSL 3 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 ZNF667-AS1-204ENST00000588158 921 ntTSL 3 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 IFI27-210ENST00000616764 716 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 IFI27-213ENST00000620066 719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 PI4KAP1-201ENST00000610959 2425 ntTSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 HSD3B7-201ENST00000262520 2200 ntTSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 DNM2-202ENST00000359692 3588 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 UCKL1-201ENST00000354216 1837 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 SCARB1-202ENST00000339570 3329 ntTSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 CFAP43-203ENST00000369719 1434 ntTSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AP001189.5-201ENST00000637683 1413 ntTSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 KIAA0895-207ENST00000436884 1952 ntTSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 CLMAT3-201ENST00000510576 1973 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 PGAP3-201ENST00000300658 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 PPEF2-207ENST00000621010 1797 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 CD34-202ENST00000356522 2874 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 OSGIN1-203ENST00000393306 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 PRDM5-202ENST00000394435 2492 ntTSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 FBXW9-201ENST00000393261 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 KCTD11-201ENST00000333751 2783 ntAPPRIS P1 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 CEP19-202ENST00000409690 2201 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 FRMD6-AS1-201ENST00000617151 2229 ntBASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 FAM189B-202ENST00000361361 3082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 HCG11-201ENST00000411553 5696 ntBASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 MEN1-207ENST00000377326 3150 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AC098591.1-201ENST00000381811 1613 ntTSL 2 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AC241585.1-201ENST00000433527 519 ntBASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 GPR53P-205ENST00000457298 1084 ntBASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 PSMB5-204ENST00000460922 729 ntTSL 2 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 CHMP4A-204ENST00000530996 967 ntTSL 3 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 LRCH1-201ENST00000311191 4710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 TEKT4P2-201ENST00000416067 1599 ntTSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 EXD3-203ENST00000465160 1585 ntTSL 2 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 EGFR-203ENST00000344576 2864 ntTSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 NPNT-201ENST00000305572 3003 ntTSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 GSTO2-203ENST00000450629 1391 ntTSL 5 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 PDE4DIP-230ENST00000530472 1690 ntTSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 TMEM39B-201ENST00000336294 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 TGIF1-201ENST00000330513 1980 ntTSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 FRS2-206ENST00000549921 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 MAP3K9-201ENST00000381250 4025 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 ORMDL3-201ENST00000304046 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 PLAGL1-211ENST00000625622 3216 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 KIAA1522-204ENST00000401073 5438 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 BANP-204ENST00000393208 2283 ntTSL 2 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 NCALD-217ENST00000521599 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 EIF2B4-212ENST00000622434 1771 ntTSL 5 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 KDM4F-201ENST00000545950 1917 ntAPPRIS P1 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 EVPL-202ENST00000586740 6223 ntTSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 CPNE6-201ENST00000397016 2235 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 CPNE6-203ENST00000537691 2233 ntTSL 2 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 APOPT1-201ENST00000409074 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 TUBGCP2-202ENST00000368562 2685 ntTSL 2 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 PAUPAR-201ENST00000630360 2965 ntBASIC13.92□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 ATP6V0B-201ENST00000236067 944 ntTSL 2 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 PAGE5-201ENST00000289619 741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 BID-201ENST00000317361 2495 ntTSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 IGHV3-7-201ENST00000390598 430 ntAPPRIS P1 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 EDN3-205ENST00000395654 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AL365255.1-202ENST00000413887 363 ntTSL 5 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AL080243.2-201ENST00000418783 582 ntBASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 NME2P1-201ENST00000426182 414 ntBASIC13.91□□□□□ -0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 118.3 ms