Protein–RNA interactions for Protein: Q96QK1

VPS35, Vacuolar protein sorting-associated protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS35Q96QK1 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC23.39■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS35Q96QK1 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.4 ms