Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC27.31■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC27.28■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC27.26■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC27.24■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC27.22■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC27.2■■□□□ 1.95
TRERF1Q96PN7 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC27.19■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC27.19■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.8 ms