Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC24■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC24■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
USP39Q53GS9 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP39Q53GS9 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC23.89■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.2 ms