Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
SCN9AQ15858 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
SCN9AQ15858 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
SCN9AQ15858 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.2
SCN9AQ15858 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
SCN9AQ15858 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
SCN9AQ15858 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC28.81■■■□□ 2.2
SCN9AQ15858 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
SCN9AQ15858 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
SCN9AQ15858 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
SCN9AQ15858 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
SCN9AQ15858 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
SCN9AQ15858 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC28.79■■■□□ 2.2
SCN9AQ15858 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
SCN9AQ15858 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
SCN9AQ15858 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
SCN9AQ15858 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
SCN9AQ15858 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
SCN9AQ15858 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
SCN9AQ15858 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC28.78■■■□□ 2.2
SCN9AQ15858 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
SCN9AQ15858 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
SCN9AQ15858 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
SCN9AQ15858 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
SCN9AQ15858 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
SCN9AQ15858 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
SCN9AQ15858 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
SCN9AQ15858 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
SCN9AQ15858 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
SCN9AQ15858 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.2
SCN9AQ15858 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.2
SCN9AQ15858 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC28.75■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC28.74■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC28.73■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC28.73■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC28.7■■■□□ 2.19
SCN9AQ15858 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC28.7■■■□□ 2.18
SCN9AQ15858 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
SCN9AQ15858 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
SCN9AQ15858 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
SCN9AQ15858 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
SCN9AQ15858 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
SCN9AQ15858 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
SCN9AQ15858 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
SCN9AQ15858 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
SCN9AQ15858 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
SCN9AQ15858 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
SCN9AQ15858 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
SCN9AQ15858 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
SCN9AQ15858 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC28.68■■■□□ 2.18
SCN9AQ15858 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
SCN9AQ15858 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
SCN9AQ15858 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
SCN9AQ15858 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
SCN9AQ15858 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
SCN9AQ15858 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
SCN9AQ15858 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC28.66■■■□□ 2.18
SCN9AQ15858 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
SCN9AQ15858 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
SCN9AQ15858 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
SCN9AQ15858 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
SCN9AQ15858 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
SCN9AQ15858 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.18
SCN9AQ15858 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
SCN9AQ15858 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
SCN9AQ15858 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC28.64■■■□□ 2.17
SCN9AQ15858 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC28.64■■■□□ 2.17
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