Protein–RNA interactions for Protein: O75150

RNF40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, humanhuman

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RNF40O75150 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
RNF40O75150 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
RNF40O75150 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
RNF40O75150 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
RNF40O75150 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
RNF40O75150 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
RNF40O75150 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
RNF40O75150 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
RNF40O75150 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
RNF40O75150 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
RNF40O75150 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
RNF40O75150 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
RNF40O75150 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
RNF40O75150 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
RNF40O75150 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC25.23■■□□□ 1.63
RNF40O75150 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
RNF40O75150 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
RNF40O75150 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
RNF40O75150 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC25.23■■□□□ 1.63
RNF40O75150 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
RNF40O75150 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
RNF40O75150 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
RNF40O75150 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
RNF40O75150 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
RNF40O75150 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
RNF40O75150 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
RNF40O75150 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
RNF40O75150 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
RNF40O75150 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
RNF40O75150 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
RNF40O75150 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
RNF40O75150 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
RNF40O75150 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
RNF40O75150 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
RNF40O75150 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
RNF40O75150 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
RNF40O75150 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
RNF40O75150 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
RNF40O75150 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
RNF40O75150 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
RNF40O75150 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
RNF40O75150 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
RNF40O75150 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
RNF40O75150 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
RNF40O75150 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
RNF40O75150 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
RNF40O75150 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
RNF40O75150 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
RNF40O75150 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
RNF40O75150 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
RNF40O75150 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
RNF40O75150 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
RNF40O75150 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
RNF40O75150 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
RNF40O75150 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
RNF40O75150 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
RNF40O75150 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
RNF40O75150 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
RNF40O75150 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
RNF40O75150 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
RNF40O75150 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
RNF40O75150 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
RNF40O75150 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
RNF40O75150 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
RNF40O75150 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
RNF40O75150 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
RNF40O75150 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
RNF40O75150 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
RNF40O75150 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
RNF40O75150 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
RNF40O75150 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
RNF40O75150 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
RNF40O75150 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
RNF40O75150 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
RNF40O75150 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
RNF40O75150 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
RNF40O75150 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
RNF40O75150 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
RNF40O75150 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
RNF40O75150 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
RNF40O75150 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
RNF40O75150 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
RNF40O75150 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
RNF40O75150 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
RNF40O75150 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
RNF40O75150 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
RNF40O75150 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
RNF40O75150 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
RNF40O75150 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
RNF40O75150 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
RNF40O75150 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
RNF40O75150 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
RNF40O75150 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
RNF40O75150 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
RNF40O75150 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
RNF40O75150 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
RNF40O75150 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
RNF40O75150 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
RNF40O75150 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
RNF40O75150 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 160.1 ms