Protein–RNA interactions for Protein: O43248

HOXC11, Homeobox protein Hox-C11, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC11O43248 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
HOXC11O43248 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.4 ms