Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

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Length 1,073 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 ZIC5-201ENST00000267294 4639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 SYTL3-203ENST00000367081 2692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 TMEM189-UBE2V1-201ENST00000341698 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 GTPBP8-202ENST00000383677 1787 ntTSL 3 BASIC15.7■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 MPL-202ENST00000413998 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 KLF3-201ENST00000261438 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 FBLIM1-206ENST00000441801 1543 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 YTHDF3-215ENST00000621957 2387 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 SAMM50-201ENST00000350028 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 VEPH1-218ENST00000494677 1714 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 AC005622.1-201ENST00000636801 1703 ntBASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 RBPJL-201ENST00000343694 2489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 EBI3-201ENST00000221847 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 ZSCAN2-203ENST00000334141 993 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 GNAQP1-201ENST00000444815 1067 ntBASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 FAM212B-207ENST00000534365 1217 ntTSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 AKIP1-211ENST00000534506 576 ntTSL 3 BASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 CDK4-206ENST00000549606 558 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 AC015688.8-201ENST00000577746 656 ntTSL 4 BASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 AC061975.2-201ENST00000581722 295 ntBASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 AC138474.1-201ENST00000586630 523 ntTSL 3 BASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 IFI27-210ENST00000616764 716 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 AL136531.2-202ENST00000617804 573 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 IFI27-213ENST00000620066 719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 AC004840.1-201ENST00000636359 365 ntBASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 PPP1R26-202ENST00000401470 4769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 AC007541.1-201ENST00000570282 1469 ntBASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 PICALM-219ENST00000532317 3474 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 PARP12-201ENST00000263549 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 FBXO4-201ENST00000281623 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 CPSF4-201ENST00000292476 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 APBB2-204ENST00000502841 1681 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 IGHM-202ENST00000637539 1683 ntAPPRIS P5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 FOXO3-201ENST00000343882 7308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 RAB8A-201ENST00000300935 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 RNF157-202ENST00000319945 2937 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 PCGF3-213ENST00000620529 1899 ntBASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 ADAMTS16-201ENST00000274181 4979 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 MTDH-201ENST00000336273 6177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 SCAMP4-201ENST00000316097 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 CU639417.3-201ENST00000624240 1404 ntBASIC15.68■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 DDTL-201ENST00000215770 1545 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 PRX-202ENST00000324001 4855 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 CD14-202ENST00000401743 1648 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.68■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 NFIC-203ENST00000443272 1716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 LINC00668-205ENST00000581571 1748 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 RELA-227ENST00000615805 2236 ntTSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 EWSR1-222ENST00000629659 2446 ntTSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 C2orf81-206ENST00000640868 2407 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 SRF-201ENST00000265354 4202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 MDGA2-202ENST00000399232 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 PTPN18-201ENST00000175756 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 DOK4-201ENST00000340099 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
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USP53Q70EK8 EIPR1-202ENST00000398659 1795 ntTSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 PAX3-207ENST00000409551 1782 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 PRRT3-202ENST00000411976 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 HCST-201ENST00000246551 613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
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USP53Q70EK8 TOMM5-201ENST00000321301 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
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USP53Q70EK8 HDAC8-208ENST00000373583 434 ntTSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 C2orf76-202ENST00000409466 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 LINC01160-201ENST00000441004 768 ntTSL 3 BASIC15.68■□□□□ 0.1
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USP53Q70EK8 RNA5-8SN5-201ENST00000619471 153 ntBASIC15.68■□□□□ 0.1
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USP53Q70EK8 ATP5B-201ENST00000262030 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
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USP53Q70EK8 SGSH-201ENST00000326317 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
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USP53Q70EK8 KDM6A-211ENST00000536777 5633 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 TOM1L2-209ENST00000540946 1420 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 RAPGEFL1-209ENST00000544503 2079 ntTSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 PCDHA3-201ENST00000522353 5260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 JRK-211ENST00000615982 2823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 TPPP-201ENST00000360578 6022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 TMUB2-204ENST00000538716 1953 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 LIN54-204ENST00000505397 2742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
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USP53Q70EK8 SNTB2-201ENST00000336278 9789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 AL118508.1-201ENST00000613502 2345 ntBASIC15.67■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 P4HA2-201ENST00000166534 2230 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 FAM174B-201ENST00000327355 2792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 BCAN-202ENST00000361588 2563 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 BMP4-201ENST00000245451 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 NBL1-201ENST00000289749 731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 SNURF-201ENST00000338327 331 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 SSR4-204ENST00000370087 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.67■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 AC093423.3-201ENST00000370453 654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 C11orf88-202ENST00000375618 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 RN7SL618P-201ENST00000477850 296 ntBASIC15.67■□□□□ 0.1
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