Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 SH3YL1-206ENST00000405430 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 GNRHR2-201ENST00000312753 1599 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 CLCNKB-201ENST00000375667 2129 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 CLDND1-222ENST00000510545 2124 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 AC007495.1-201ENST00000501259 2678 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 KDM3A-201ENST00000312912 4886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 PSMG3-AS1-201ENST00000437621 5701 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 HHIP-202ENST00000434550 1770 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 ZNF561-AS1-204ENST00000587536 1799 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 SALL3-206ENST00000616649 2958 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 GUK1-202ENST00000366716 940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 CSF3-203ENST00000394148 622 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 AL354836.1-201ENST00000414042 681 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 TM4SF19-204ENST00000454715 1061 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 ACP6-203ENST00000487562 1258 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 SUMO2P17-202ENST00000508743 738 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 CYB561D1-208ENST00000528785 1271 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 GABARAP-204ENST00000571253 837 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 TMIGD2-203ENST00000600114 489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 SCN5A-214ENST00000612060 714 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 PRR5-218ENST00000624862 1900 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 RPS6KL1-201ENST00000354625 5195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 LRFN2-201ENST00000338305 3270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 FAM3D-201ENST00000358781 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 SIK1-201ENST00000270162 4712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 CU639417.2-201ENST00000613488 4705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 RCC2-202ENST00000375436 4087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 NOL4L-210ENST00000616976 1376 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 RNASEH2B-202ENST00000422660 4830 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 OPA1-201ENST00000361150 6330 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 NKPD1-201ENST00000317951 4233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 FAM222B-202ENST00000452648 2836 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 MPP3-201ENST00000398389 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 OSBPL6-203ENST00000357080 2217 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 IFT140-201ENST00000361339 2987 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 CHMP1A-202ENST00000535997 2295 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 OPA1-208ENST00000392438 6340 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 SLC39A1-203ENST00000368621 2398 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 PRAL-201ENST00000624952 3286 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 TACR3-201ENST00000304883 5190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 SEPT11-203ENST00000502584 2615 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 MAP3K4-202ENST00000366919 5397 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 ROBO3-201ENST00000397801 4569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 ROBO3-220ENST00000538940 4551 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 KCNT1-206ENST00000486577 3760 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 NPRL3-211ENST00000611875 2881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 DOK5-201ENST00000262593 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 LINC00554-201ENST00000564841 3011 ntBASIC16.33■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 COBL-203ENST00000395542 5339 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 MAPKAP1-202ENST00000350766 3256 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 RASGRP2-201ENST00000354024 2310 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 ENDOV-212ENST00000520284 2500 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 CTSG-201ENST00000216336 886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 NDUFA3-201ENST00000303553 379 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 TMEM234-202ENST00000344461 721 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 HIST1H3D-201ENST00000356476 411 ntAPPRIS P1 BASIC16.33■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 THAP7-202ENST00000399133 1144 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 DDT-204ENST00000404092 805 ntTSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 AC009947.1-201ENST00000444350 727 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 NPM2-204ENST00000518119 1190 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 AC091182.1-202ENST00000518765 713 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 CLDN6-201ENST00000328796 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 AC093627.6-201ENST00000478759 1365 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 REEP4-202ENST00000334530 1476 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 MEAF6-201ENST00000296214 1525 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 TEX264-202ENST00000395057 1555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 KRT35-201ENST00000246639 1778 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 PCBP1-201ENST00000303577 1750 ntAPPRIS P1 BASIC16.33■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 SPATA21-205ENST00000540400 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 MASTL-203ENST00000375946 3623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 NDRG2-211ENST00000397858 2054 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 IPPK-201ENST00000287996 4401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 FP565260.3-204ENST00000623795 2238 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 HS2ST1-201ENST00000370550 6736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 PAK4-208ENST00000599386 5735 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 ARHGEF28-211ENST00000512883 2936 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 CTNNBIP1-203ENST00000377263 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 RAC2-201ENST00000249071 1482 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 AMN1-201ENST00000281471 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 SFN-201ENST00000339276 1320 ntAPPRIS P1 BASIC16.32■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 GSPT2-201ENST00000340438 2802 ntAPPRIS P1 BASIC16.32■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 KIF21A-202ENST00000361961 6601 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 CHD1L-203ENST00000369259 2358 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 HTR1B-201ENST00000369947 2021 ntAPPRIS P1 BASIC16.32■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 GNAS-212ENST00000371098 1719 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 FOXP3-201ENST00000376197 1326 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 SUMO1-201ENST00000392244 831 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 RBPMS-204ENST00000397323 2941 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 RPS6KB1-203ENST00000406116 1982 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 SUMO1-209ENST00000409712 761 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 SLC22A5-203ENST00000435065 1746 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 FIS1-203ENST00000442303 631 ntTSL 3 BASIC16.32■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 SRSF2-205ENST00000508921 1390 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 ZNF131-214ENST00000509634 3340 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 CDH6-205ENST00000514738 2569 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
VPS39Q96JC1 UNC93B6-202ENST00000528242 690 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.5 ms