Protein–RNA interactions for Protein: Q13099

IFT88, Intraflagellar transport protein 88 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 833 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
IFT88Q13099 DAGLA-201ENST00000257215 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 XRCC1-201ENST00000262887 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 RHPN1-201ENST00000289013 3683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 USP35-203ENST00000529308 4216 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 LGMN-216ENST00000557434 1797 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 MOCS1-205ENST00000373195 2852 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 NDRG2-206ENST00000397844 2096 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 C11orf68-203ENST00000530188 1528 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 TMUB2-213ENST00000589856 1505 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 SLC5A7-201ENST00000264047 5152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 QRFP-201ENST00000343079 411 ntAPPRIS P1 BASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 CYP4B1-203ENST00000371923 2110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 NUS1P2-201ENST00000417358 873 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 TPM1-226ENST00000560959 925 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 AC008105.3-202ENST00000585471 1077 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 GZMM-202ENST00000592501 941 ntTSL 3 BASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 AC093458.2-201ENST00000623150 629 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 CCNC-219ENST00000627680 896 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 OR2I1P-210ENST00000642037 4691 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 FBN2-205ENST00000508989 4987 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 TFAP2A-AS1-201ENST00000420777 1575 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 GYG1-201ENST00000296048 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 ELMO3-202ENST00000393997 2531 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 TRAF7-201ENST00000326181 3700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 C14orf180-203ENST00000557649 2551 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 LDB3-208ENST00000623007 1664 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 PPP1R26P4-201ENST00000619065 3527 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 UGDH-201ENST00000316423 3216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 FAM186B-201ENST00000257894 2944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 BAG4-201ENST00000287322 4453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 CDKN2AIP-201ENST00000302350 2646 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 KIF26A-201ENST00000315264 6714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 ASIC4-201ENST00000347842 2684 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 WSCD1-201ENST00000317744 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 CRB3-203ENST00000598494 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 SEPT7-201ENST00000350320 4350 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 ZCCHC4-201ENST00000302874 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 MSH5-203ENST00000375750 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 FLAD1-201ENST00000292180 2160 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 FADS1-201ENST00000350997 4525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 SHISA6-204ENST00000441885 7575 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 PEX13-204ENST00000444100 1533 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 NFIX-214ENST00000592199 1509 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 SLC2A9-201ENST00000264784 1850 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 KNSTRN-202ENST00000416151 1899 ntTSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 PCDHGB1-202ENST00000611598 2592 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 GRIN3A-201ENST00000361820 7770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 TMEM41B-204ENST00000528080 3968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 MPL-201ENST00000372470 1908 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 CNOT8-202ENST00000403027 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 STRA6-207ENST00000535552 2631 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 APBB1-224ENST00000621678 1907 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 STAT5B-201ENST00000293328 5103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 UBE3A-227ENST00000638011 8742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 CLEC18C-203ENST00000541793 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 CLEC18C-210ENST00000569347 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 LINC00895-201ENST00000629028 1637 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 SOD2-201ENST00000337404 991 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 GNB2-207ENST00000427895 1146 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 AL391650.1-205ENST00000433939 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 ANKRD13D-218ENST00000515828 1111 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 ERCC5-207ENST00000535557 1125 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 TUBA1A-203ENST00000546918 984 ntTSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 MIR5100-201ENST00000579544 119 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 AC005632.4-201ENST00000613759 431 ntTSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 AP000867.4-201ENST00000641616 219 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 SYBU-207ENST00000433638 3104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 SMAP1-202ENST00000370452 2491 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 FMNL1-206ENST00000587489 2487 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 KNSTRN-201ENST00000249776 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 POU5F1-204ENST00000471529 1723 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 RALGAPA1-203ENST00000389698 7864 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 CLDN22-201ENST00000323319 2581 ntAPPRIS P1 BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 USP4-201ENST00000265560 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 ARHGAP8-201ENST00000336963 1487 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 CCDC188-201ENST00000439765 1475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 COBL-203ENST00000395542 5339 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 CCNDBP1-201ENST00000300213 3660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 TRIB3-202ENST00000422053 1533 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 ATG4B-206ENST00000405546 3294 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 MAX-204ENST00000358402 1973 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 RTEL1-201ENST00000318100 4676 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 MBD1-210ENST00000457839 2473 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 EIF4G1-206ENST00000392537 5229 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 UNKL-201ENST00000248104 4320 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 PRICKLE4-204ENST00000458694 1646 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 FAF1-202ENST00000396153 6817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 SRRD-201ENST00000215917 4020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 UBTF-201ENST00000302904 4997 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
IFT88Q13099 SWSAP1-201ENST00000312423 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.4 ms