Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 SPNS1-202ENST00000323081 2102 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 SLC35F3-201ENST00000366617 2762 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 LRRC25-201ENST00000339007 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 MZF1-206ENST00000599369 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 KLK1-201ENST00000301420 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 UBXN1-202ENST00000301935 1153 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 GPR17-202ENST00000393018 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 SOCS2P1-201ENST00000417727 557 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 LINC01067-201ENST00000432575 664 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AL157373.2-201ENST00000437559 784 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 DMKN-216ENST00000458071 510 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 LYRM9-204ENST00000503642 432 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AC103957.2-201ENST00000521218 510 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AP001360.1-202ENST00000526934 479 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AP001258.2-201ENST00000529891 490 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 LINC00928-204ENST00000561201 1123 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AL031600.1-201ENST00000563610 570 ntTSL 4 BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AC009065.5-201ENST00000565937 596 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 MIR4321-201ENST00000592276 80 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 ZNF347-208ENST00000601804 496 ntTSL 4 BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 RPL23AP53-203ENST00000606975 736 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 TMEM14B-220ENST00000612333 888 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 UBXN1-218ENST00000616865 1002 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 HADH-212ENST00000638621 741 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 INPP5J-205ENST00000404390 2215 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 RWDD4-205ENST00000510968 1551 ntTSL 4 BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 FLT1-201ENST00000282397 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 ARHGEF28-203ENST00000426542 6118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 WWP1-202ENST00000517970 4686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 TVP23C-201ENST00000225576 1527 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 KRT8-215ENST00000552150 1687 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 KIAA0895-207ENST00000436884 1952 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 TBX2-201ENST00000240328 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 MRC2-201ENST00000303375 5988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 KRT5-201ENST00000252242 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 FST-202ENST00000396947 2538 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 PCDHA6-202ENST00000527624 2231 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 MLKL-201ENST00000306247 1781 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 NDUFV1-223ENST00000532303 1493 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 ABHD18-206ENST00000611882 1493 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 IQGAP2-201ENST00000274364 5844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 IGSF8-205ENST00000614243 2191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 PABPC1L-201ENST00000217073 1851 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 SLC6A8-204ENST00000430077 1892 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 ARCN1-203ENST00000392859 1709 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 FBXW9-201ENST00000393261 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 SCNN1D-206ENST00000400928 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 SNAP47-203ENST00000366760 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 MIOX-201ENST00000216075 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 COQ6-201ENST00000334571 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 CACNA1B-206ENST00000371372 9790 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 PKIG-203ENST00000372887 769 ntTSL 3 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 AC074338.1-201ENST00000416825 156 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 OLR1-203ENST00000432556 950 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 C1QTNF6-203ENST00000434784 975 ntTSL 3 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 AL109811.2-201ENST00000447600 487 ntTSL 3 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 CGB8-201ENST00000448456 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 HYAL1-208ENST00000457214 1084 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 AC115284.1-201ENST00000488257 547 ntTSL 4 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 AC011365.2-201ENST00000520041 810 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 AP002992.1-201ENST00000527519 491 ntTSL 3 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 AC090502.1-201ENST00000549905 748 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 AC090502.1-204ENST00000551210 469 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 TUBB8-202ENST00000562809 820 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 TBC1D16-203ENST00000570373 961 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 AC010641.1-201ENST00000591757 529 ntTSL 3 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 DOK5-201ENST00000262593 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 CYP2R1-201ENST00000334636 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 AL031731.1-201ENST00000642131 2094 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 MAPK14-204ENST00000468133 1376 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 PCBP1-201ENST00000303577 1750 ntAPPRIS P1 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 AL133373.2-201ENST00000623187 2828 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 PHGDH-202ENST00000369409 1882 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 ANKRD6-201ENST00000339746 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 C19orf25-207ENST00000588871 2128 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 MSTO2P-201ENST00000314835 1709 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 HILPDA-201ENST00000257696 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 CHST10-203ENST00000409701 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 PSMD8-209ENST00000602911 1330 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 NFKB2-201ENST00000189444 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 SYBU-201ENST00000276646 2870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 CLEC18B-206ENST00000620745 1847 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 SYNM-202ENST00000336292 7394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 SEMA6D-205ENST00000389425 2318 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 PITX2-204ENST00000394595 1693 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 USP27X-AS1-201ENST00000437322 2175 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 PQBP1-201ENST00000218224 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 PQBP1-202ENST00000247140 664 ntTSL 3 BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 CCDC12-201ENST00000292314 1017 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 RAB4B-201ENST00000357052 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 MIR326-201ENST00000362220 95 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms