Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 BCAR1-206ENST00000535626 2894 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 UCKL1-201ENST00000354216 1837 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 SH3YL1-206ENST00000405430 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 GBA2-203ENST00000378103 3611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC14.74□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 TCEAL3-203ENST00000372628 1221 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 CD99-204ENST00000381187 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 TMEM128-202ENST00000382753 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 PRR29-203ENST00000425164 1266 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 CRCP-205ENST00000431089 942 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 KRT18P34-201ENST00000488218 1270 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 BX890604.1-208ENST00000490920 726 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 AP000892.1-201ENST00000504906 488 ntTSL 3 BASIC14.74□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 MOK-203ENST00000517966 1230 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC14.74□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 AP006621.3-203ENST00000525941 610 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 H3F3B-208ENST00000589599 576 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.74□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC14.74□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 AL078644.1-201ENST00000609881 752 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 SELENOM-210ENST00000611680 689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 CCL3-204ENST00000613922 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 HOXA11-AS1_5.1-201ENST00000620211 203 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 MEAF6-201ENST00000296214 1525 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 IQCF5-AS1-201ENST00000440723 2000 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 CBX8-201ENST00000269385 3791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 DOK5-201ENST00000262593 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 CLDN14-201ENST00000342108 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 GPX3-209ENST00000614343 1478 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 FEZF1-AS1-202ENST00000428449 2653 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 LCK-201ENST00000333070 2166 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 FGFR2-207ENST00000359354 1680 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 CTNNB1-210ENST00000453024 2841 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 HNRNPA3-201ENST00000392524 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 FGD4-212ENST00000534526 2977 ntTSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 PIGP-207ENST00000464265 3437 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 RNF31-201ENST00000324103 3627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 TNIP1-202ENST00000389378 2935 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 LINC01529-205ENST00000637365 2000 ntTSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 FOXJ2-201ENST00000162391 5523 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 FOXS1-201ENST00000375978 1319 ntAPPRIS P1 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 COMMD5-202ENST00000402718 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 AARSD1-202ENST00000427569 1322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 VWA2-203ENST00000603594 2600 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 DPM2-201ENST00000314392 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 AL139384.1-201ENST00000612143 3047 ntBASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 TACR2-202ENST00000373307 1740 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 PLXNB1-202ENST00000358536 7308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 NBEA-203ENST00000379939 10738 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 TMUB2-212ENST00000589785 1918 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 IFNL1-201ENST00000333625 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 SYS1-202ENST00000372727 813 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 SAPCD1-209ENST00000425424 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 SPDYE2-202ENST00000432940 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 SPDYE2B-201ENST00000436228 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 SPDYE5-201ENST00000455862 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 FBXL21-206ENST00000495672 589 ntTSL 4 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 NMU-203ENST00000507338 658 ntTSL 3 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 C8orf46-213ENST00000521495 557 ntTSL 4 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 TAGLN-206ENST00000530649 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 AC034105.1-201ENST00000563488 319 ntBASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 NUTF2-206ENST00000569436 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 CD7-202ENST00000578509 925 ntTSL 3 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 TMEM220-AS1-206ENST00000583343 876 ntTSL 3 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 AC040963.1-202ENST00000589729 644 ntTSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 FAM71E1-202ENST00000595790 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 NUTM2B-AS1-211ENST00000601369 1233 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 MED16-214ENST00000617672 554 ntTSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 CLEC11A-203ENST00000617718 1128 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 VASP-201ENST00000245932 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 GLS2-217ENST00000623608 2518 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 KIFC1-211ENST00000428849 2706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 IER2-203ENST00000588173 2934 ntAPPRIS P1 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 VSTM2A-204ENST00000407838 3112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 EXT2-210ENST00000533608 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 RALGPS1-203ENST00000373434 2466 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 ACSS1-201ENST00000323482 3680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 HSF5-201ENST00000323777 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 AC104109.2-201ENST00000602919 1418 ntBASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 AC098591.1-201ENST00000381811 1613 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 ACE-203ENST00000413513 2237 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 SDCBP-201ENST00000260130 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 CCDC59-201ENST00000256151 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 NR4A2-210ENST00000429376 1571 ntTSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 LCA10-201ENST00000618311 1392 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 FAM53B-202ENST00000337318 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 ISG20L2-202ENST00000368219 2310 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 PEX6-202ENST00000304611 3478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 MEX3C-204ENST00000616921 3269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 AC005906.2-217ENST00000639573 1711 ntTSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 PSMC3-201ENST00000298852 1544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 FAM109A-203ENST00000547838 2846 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC14.72□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 TSHZ1-204ENST00000580243 3582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 SIGLEC6-205ENST00000425629 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 RUFY2-205ENST00000454950 2613 ntTSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 AC012485.3-201ENST00000637634 2424 ntTSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 AL138694.1-201ENST00000637731 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
HIF3AQ9Y2N7 ASAH1-254ENST00000637636 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
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