Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 SLC39A1-202ENST00000356205 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 ADAM15-208ENST00000447332 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 ZNF398-203ENST00000483892 2121 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 SDCBP-201ENST00000260130 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 CHD1L-203ENST00000369259 2358 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 SYBU-231ENST00000533065 2645 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AC092384.3-202ENST00000564646 2873 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 LRFN2-201ENST00000338305 3270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 PDE4C-202ENST00000355502 5979 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 VARS2-212ENST00000542001 4064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 ZNF131-214ENST00000509634 3340 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 EGFR-203ENST00000344576 2864 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 SPIN3-224ENST00000639583 2245 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 CLEC18A-203ENST00000449317 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AC068831.3-201ENST00000553321 1858 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 ARHGEF10-201ENST00000349830 5590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 HYAL3-207ENST00000621157 1696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 QRFP-202ENST00000623824 1658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AL035685.1-202ENST00000637341 1688 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 ACOT7-204ENST00000377855 1614 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AC053503.2-201ENST00000420563 1598 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AC104109.2-201ENST00000602919 1418 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 HIC2-201ENST00000407464 6798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 BCAR1-209ENST00000546196 1340 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 CRADD-201ENST00000332896 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 ANP32E-201ENST00000369114 1048 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 CD99-204ENST00000381187 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 TMEM128-202ENST00000382753 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 SMAGP-202ENST00000398453 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 SAPCD1-209ENST00000425424 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 PIGBOS1-201ENST00000436697 866 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 SLC30A5-203ENST00000502979 681 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 NMU-203ENST00000507338 658 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 QPRT-203ENST00000562473 579 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AC034105.1-201ENST00000563488 319 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AC145285.3-201ENST00000564603 959 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 TMEM220-AS1-206ENST00000583343 876 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 FOSB-211ENST00000592436 1057 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AC064836.3-201ENST00000607928 673 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 SELENOM-210ENST00000611680 689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 CCL3-204ENST00000613922 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 MED16-214ENST00000617672 554 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AC004877.2-201ENST00000623941 599 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 GATA6-201ENST00000269216 3770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 SLCO5A1-203ENST00000524945 3725 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 TSPAN5-201ENST00000305798 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 PPP1R21-202ENST00000294952 3142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 UGDH-202ENST00000501493 2826 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 GINS2-201ENST00000253462 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 WARS-232ENST00000556645 2508 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 GFOD1-206ENST00000612338 2481 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 ABHD2-207ENST00000565973 2347 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 GDF6-201ENST00000287020 3701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 CLPTM1L-216ENST00000630539 2032 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 LINC00668-206ENST00000581725 1902 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SDC1P18827 FAM181A-201ENST00000267594 1816 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 SHTN1-202ENST00000355371 5361 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AC073439.1-201ENST00000624121 1774 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 GHDC-201ENST00000301671 2650 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AK4-207ENST00000545314 6887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 PGAP2-205ENST00000396993 1566 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 IQCE-217ENST00000623361 6775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 PSMC3-201ENST00000298852 1544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 MAP4K4-205ENST00000350878 7640 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 WDR70-202ENST00000504564 1526 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 CNKSR1-202ENST00000374253 2538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 ALDOA-201ENST00000338110 2384 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 RIMS3-201ENST00000372683 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 MCM4-201ENST00000262105 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 MYCBPAP-201ENST00000323776 3186 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 MCF2L2-208ENST00000473233 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AMN1-201ENST00000281471 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 IFNL1-201ENST00000333625 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 ASTL-201ENST00000342380 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 ZAR1L-201ENST00000345108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 KCNIP2-208ENST00000370046 923 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AL160408.2-201ENST00000436039 693 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 MMP24-AS1-209ENST00000456790 712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 MOK-203ENST00000517966 1230 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 MRVI1-AS1-203ENST00000529979 784 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 KRT19P2-202ENST00000557173 1012 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 PMF1-BGLAP-204ENST00000567140 655 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 JAK3-201ENST00000458235 5432 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 TRIM7-201ENST00000274773 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 PICALM-204ENST00000526033 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 ASAH1-201ENST00000262097 2618 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 LILRB5-202ENST00000345866 1864 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 ARHGEF4-205ENST00000409359 5489 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 ALOX15B-205ENST00000573359 1809 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 PITPNA-201ENST00000313486 3912 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 CCHCR1-202ENST00000396263 2490 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 KDM5C-202ENST00000375379 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 BMP2K-201ENST00000335016 3804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AC019205.2-202ENST00000441363 2403 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 EFCAB14-201ENST00000371933 5767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 SETD7-204ENST00000506866 1602 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SDC1P18827 PDZD8-201ENST00000334464 9699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 CYP21A2-221ENST00000418967 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 TNFSF8-203ENST00000618336 1523 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 134.5 ms