Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 SNX29P1-201ENST00000548357 1007 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 ORC6-206ENST00000568364 888 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 PAM16-204ENST00000571941 674 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 TXNL4A-212ENST00000592957 546 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 IL32-235ENST00000613483 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 EWSR1-203ENST00000332050 2552 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 OSGEP-201ENST00000206542 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 DPY19L2P4-202ENST00000497063 2018 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 CCDC142-201ENST00000290418 2835 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 FOXA1-201ENST00000250448 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 CD81-201ENST00000263645 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 TTC8-216ENST00000614125 2377 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 RUSC2-202ENST00000455600 5636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 TPM1-201ENST00000267996 1670 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 AAAS-217ENST00000550286 1652 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 CHRNA4-207ENST00000615287 5643 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 FSTL1-201ENST00000295633 5943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 AC008878.3-201ENST00000617428 4964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 SOD1-201ENST00000270142 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 MRPL55-201ENST00000295008 632 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 ZFAND2B-203ENST00000409206 1159 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 ZFAND2B-212ENST00000444522 1199 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 ELP6-209ENST00000446787 894 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 C11orf98-202ENST00000525675 405 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 AC243562.2-201ENST00000561247 970 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 AC124287.1-201ENST00000582249 838 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 KXD1-204ENST00000595073 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 IFNL3-202ENST00000613087 734 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 MZF1-206ENST00000599369 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 AC020915.1-201ENST00000413518 1469 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 PTHLH-209ENST00000545234 1544 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 DDX19B-204ENST00000451014 1608 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 PTHLH-201ENST00000201015 1872 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 PTPN6-204ENST00000456013 2389 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 EVI5L-202ENST00000538904 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 CERCAM-201ENST00000372838 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 SEMA3B-204ENST00000433753 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 PHLDA2-201ENST00000314222 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 SPAG11A-201ENST00000326558 612 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 ADSL-202ENST00000342312 1808 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 NYX-201ENST00000342595 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 LINC01121-201ENST00000378479 1095 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 LHCGR-203ENST00000403273 1921 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 ABHD11-AS1-201ENST00000427153 662 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 KDM4A-AS1-204ENST00000439057 686 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 TARDBPP1-201ENST00000442013 1203 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 C8orf88-201ENST00000517562 894 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 RAB30-AS1-207ENST00000533708 825 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 BNIP3P1-202ENST00000550043 1585 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 SAMD4A-208ENST00000555192 1337 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 GRN-214ENST00000589265 1632 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 FLT3LG-205ENST00000596435 1034 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 NDUFB1-207ENST00000617122 417 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 LILRA2-208ENST00000629481 661 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 NOM1-201ENST00000275820 6077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 IGSF9B-206ENST00000533871 5050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 AC005332.8-201ENST00000622750 2735 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 CAPZB-204ENST00000375144 1568 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 EML3-201ENST00000278845 3017 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 DVL2-201ENST00000005340 3018 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 AL163636.2-201ENST00000553909 1498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 CREB3L3-204ENST00000602147 1382 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 SEPHS2-201ENST00000478753 2551 ntAPPRIS P1 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 SUMF2-205ENST00000413756 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 IQCF3-202ENST00000440739 505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 AC084864.1-201ENST00000496217 305 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 AC104596.2-201ENST00000512793 793 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 STMN4-207ENST00000523048 1224 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 CACNA2D4-208ENST00000538027 952 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 C12orf10-204ENST00000548632 988 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 AC079336.2-201ENST00000578408 927 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 AC010319.3-201ENST00000597028 470 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 HIST1H3I-201ENST00000616365 411 ntAPPRIS P1 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 HOOK2-202ENST00000397668 2513 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 ADCY5-202ENST00000462833 7311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 ZNF408-201ENST00000311764 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 ORMDL3-201ENST00000304046 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 FAM227B-201ENST00000299338 2008 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 CCDC40-201ENST00000269318 1970 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 BATF2-202ENST00000435842 1949 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 TXNDC2-201ENST00000306084 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 DTX2-206ENST00000430490 2623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 COMMD5-203ENST00000450361 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 ZNF419-201ENST00000221735 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 TNFSF8-203ENST00000618336 1523 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 CADPS2-202ENST00000334010 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 AHRR-203ENST00000505113 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 PCM1-206ENST00000518537 2171 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 SBNO2-204ENST00000587024 4861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 ZNF302-202ENST00000446502 2635 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 FANK1-204ENST00000368695 1296 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 FAM221A-203ENST00000409653 761 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 FAM221A-204ENST00000409994 1136 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 HIST1H2BPS3-201ENST00000419683 341 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.8 ms