Protein–RNA interactions for Protein: Q12824

SMARCB1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1, humanhuman

Predictions only

Length 385 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCB1Q12824 STXBP3-201ENST00000370008 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 MAP7-209ENST00000618822 4497 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 TLE2-201ENST00000262953 2705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 AL138694.1-201ENST00000637731 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 PBX1-215ENST00000559240 2866 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 WASF1-202ENST00000359451 3075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 PTHLH-201ENST00000201015 1872 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 PYCR1-201ENST00000329875 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 CCT7-215ENST00000539919 2031 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 AC226118.1-201ENST00000515213 2146 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 FOSB-209ENST00000590335 2170 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 SYNPO-201ENST00000307662 5374 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 GALNT9-201ENST00000328957 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 EWSR1-203ENST00000332050 2552 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 SPOP-201ENST00000347630 2965 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 RASSF5-205ENST00000581503 5586 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 FCRLB-204ENST00000367946 1152 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 LCE3E-201ENST00000368789 611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 PDSS2-201ENST00000369031 1236 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 GOLGA6L11P-201ENST00000417252 1298 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 SHBG-204ENST00000441599 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 RAD51D-205ENST00000460118 1064 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 SDHAP3-202ENST00000515467 728 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 AC124067.4-202ENST00000522471 397 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 ZNF710-AS1-201ENST00000558334 1168 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 AURKB-214ENST00000585124 1227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 LINC00207-204ENST00000605505 666 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 AKR7L-202ENST00000429712 1313 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 AC002310.1-201ENST00000457283 1445 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 PRKACG-201ENST00000377276 1585 ntAPPRIS P1 BASIC17.09■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 RIC8B-213ENST00000638198 1611 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 OLA1-202ENST00000344357 1656 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 ACTRT3-201ENST00000330368 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 SDCBP-202ENST00000413219 2086 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 TBC1D4-202ENST00000377636 6364 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 MFSD2A-201ENST00000372809 2173 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 PCM1-206ENST00000518537 2171 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 SERPINH1-201ENST00000358171 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 STX17-205ENST00000525640 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 LINC00595-204ENST00000434974 2692 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 PHF12-205ENST00000577226 7679 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 RNF157-202ENST00000319945 2937 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 HDAC10-222ENST00000626012 2607 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 ZNF76-202ENST00000339411 2447 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 ATP5B-201ENST00000262030 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 PPRC1-201ENST00000278070 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
SMARCB1Q12824 PHF23-202ENST00000454255 1662 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 ACOT7-204ENST00000377855 1614 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 PPP1R3E-201ENST00000452015 4773 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 DDTL-201ENST00000215770 1545 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 PDGFA-201ENST00000354513 1308 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 LINC02268-202ENST00000515444 1328 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 AL583722.1-201ENST00000540171 1307 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 CALY-202ENST00000368555 783 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 AL096814.1-202ENST00000372963 647 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 SNCA-205ENST00000394991 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 AC004987.2-201ENST00000395959 1148 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 SPTLC1P1-201ENST00000447199 261 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 FAM92A-214ENST00000522324 1072 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 STOM-203ENST00000538954 1257 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 MYMX-202ENST00000576476 682 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 MARCH2-206ENST00000601283 747 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 AC004233.3-201ENST00000607794 1269 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 AC008738.7-201ENST00000609744 511 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 ATXN7-210ENST00000487717 3683 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 TMTC4-203ENST00000376234 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 SSC5D-202ENST00000587166 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 SUFU-202ENST00000369902 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 APBB1-202ENST00000311051 2619 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 C16orf71-204ENST00000590191 2564 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 CCM2-207ENST00000475551 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 DDX1-207ENST00000617198 2257 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 RNPS1-202ENST00000320225 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 ZBP1-202ENST00000395822 2073 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 ME2P1-201ENST00000426028 1970 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 FBXL12-206ENST00000588922 1843 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 HRASLS5-206ENST00000540857 3032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 KLHDC7B-201ENST00000395676 2991 ntAPPRIS P1 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 NUDT19-201ENST00000397061 2967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 RNPS1-223ENST00000568631 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 C16orf71-201ENST00000299320 2722 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 DXO-203ENST00000375356 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 VIPR1-204ENST00000438259 2427 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 YTHDF3-212ENST00000621413 2370 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 ZGLP1-202ENST00000403903 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 OTUB1-206ENST00000535715 1391 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 TBRG4-203ENST00000395655 2225 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 MAPT-215ENST00000574436 1326 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 C18orf8-201ENST00000269221 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 RBX1-201ENST00000216225 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 PRSS55-201ENST00000328655 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 PDCD1-201ENST00000334409 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 ASB12-201ENST00000362002 1289 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 GUK1-210ENST00000391865 990 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 CBFB-202ENST00000412916 2971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 LINC00475-203ENST00000417983 703 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 USHBP1-203ENST00000431146 2136 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 PTPRF-209ENST00000438120 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 CRB3P1-201ENST00000449338 276 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 AL033519.3-201ENST00000450618 595 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.5 ms