Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 PTPRS-208ENST00000590509 893 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
MSX1P28360 MARCH2-206ENST00000601283 747 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
MSX1P28360 AC099522.2-201ENST00000607001 744 ntBASIC15.08■□□□□ 0
MSX1P28360 PRKX-201ENST00000262848 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
MSX1P28360 FAM53C-202ENST00000434981 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
MSX1P28360 TRPC6-202ENST00000348423 2448 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
MSX1P28360 CPVL-202ENST00000396276 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
MSX1P28360 DCAF5-201ENST00000341516 5953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
MSX1P28360 AMHR2-202ENST00000379791 1437 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
MSX1P28360 MAP4K3-201ENST00000263881 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
MSX1P28360 ZFP1-209ENST00000570010 1457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
MSX1P28360 IBA57-201ENST00000366711 7817 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
MSX1P28360 ARFGAP1-201ENST00000353546 2776 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 KCNJ8-201ENST00000240662 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 EPB41-205ENST00000373797 2402 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 CDH24-201ENST00000267383 2873 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 C1orf115-201ENST00000294889 3413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 AC098591.1-201ENST00000381811 1613 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 ELMSAN1-202ENST00000394071 7721 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 DENND5B-201ENST00000354285 3132 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 COQ7-201ENST00000321998 2657 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 EWSR1-206ENST00000397938 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 KCNQ2-202ENST00000344462 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 PFKP-202ENST00000381075 2769 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 DNAJB8-AS1-201ENST00000471626 1798 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 TNNC2-202ENST00000372557 780 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 IL32-206ENST00000440815 920 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 CTDSP1-204ENST00000443891 1109 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 IL32-207ENST00000444393 892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 COX20P2-201ENST00000452636 358 ntBASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 RN7SL589P-201ENST00000481268 310 ntBASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 PMF1-BGLAP-203ENST00000490491 1007 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 AC109322.1-201ENST00000524499 1264 ntBASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 FXYD6-209ENST00000530956 579 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 IL32-219ENST00000531965 746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 IL32-226ENST00000548476 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 LMO7-AS1-202ENST00000568735 467 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 C19orf33-202ENST00000588605 520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 LINC00628-201ENST00000628516 1289 ntBASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 INPP4A-202ENST00000409016 9996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 ZFAND6-201ENST00000261749 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 TSPAN4-208ENST00000409531 1339 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 HGS-201ENST00000329138 2970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 DPP9-AS1-201ENST00000381796 3071 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 BSCL2-210ENST00000421906 1440 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 STAT5A-201ENST00000345506 4301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 SPATC1-201ENST00000377470 2007 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 SLC25A35-205ENST00000580340 1541 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 PKN3-201ENST00000291906 3375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 KIFC3-203ENST00000445690 3379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 ARID5A-201ENST00000357485 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 TPPP-201ENST00000360578 6022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
MSX1P28360 SNX9-201ENST00000392185 4198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 AC016027.1-202ENST00000607927 1699 ntBASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 WIPF1-201ENST00000272746 3028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 CALCR-207ENST00000426151 1741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 CD1E-213ENST00000444681 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 FNDC1-201ENST00000297267 6552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 PDE3A-201ENST00000359062 7576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 CCDC142-201ENST00000290418 2835 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 PACS2-202ENST00000430725 2944 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 RPLP2-201ENST00000321153 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 SIVA1-202ENST00000347067 550 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 NKAIN2-201ENST00000368416 1106 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 CLIC1-208ENST00000375784 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 CTRC-202ENST00000375949 898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 PTMS-202ENST00000389462 773 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 AL355306.1-201ENST00000415580 579 ntBASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 FAM86GP-201ENST00000448322 971 ntBASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 AC009163.2-201ENST00000460606 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 S100A6-205ENST00000496817 673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 IGLL5-201ENST00000526893 1050 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 IGLL5-202ENST00000531372 882 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 ASXL1-206ENST00000542461 1068 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 GREM1-201ENST00000560677 623 ntTSL 4 BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 IGHV3OR16-6-201ENST00000568775 360 ntBASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 TVP23B-206ENST00000574226 1080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 GPR42-202ENST00000597214 1182 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 FAM184B-201ENST00000265018 6622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 PNO1-201ENST00000263657 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 ELMO3-203ENST00000477898 2281 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 TMEM127-201ENST00000258439 6266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 FAM83A-202ENST00000518448 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 NQO2-201ENST00000338130 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 FAM60A-203ENST00000454658 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 CDK11B-204ENST00000407249 2677 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 TIGAR-201ENST00000179259 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 COTL1-201ENST00000262428 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 FAM49B-202ENST00000517654 1817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 HMGA2-210ENST00000541363 8094 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 DEF8-225ENST00000569453 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
MSX1P28360 OGFRL1-201ENST00000370435 8391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
MSX1P28360 DCP1B-201ENST00000280665 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
MSX1P28360 DRC3-201ENST00000313838 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
MSX1P28360 NUP50-203ENST00000407019 2059 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
MSX1P28360 HRAT92-201ENST00000452622 3506 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
MSX1P28360 SLC5A2-201ENST00000330498 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
MSX1P28360 HDAC5-201ENST00000225983 5326 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
MSX1P28360 SLC52A1-201ENST00000254853 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.8 ms