Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRJ3

CCL28, C-C motif chemokine 28, humanhuman

Predictions only

Length 127 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCL28Q9NRJ3 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCL28Q9NRJ3 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCL28Q9NRJ3 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCL28Q9NRJ3 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCL28Q9NRJ3 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCL28Q9NRJ3 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.73
CCL28Q9NRJ3 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
CCL28Q9NRJ3 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
CCL28Q9NRJ3 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC19.56■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC19.55■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC19.55■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC19.53■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC19.53■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
CCL28Q9NRJ3 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.71
CCL28Q9NRJ3 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCL28Q9NRJ3 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCL28Q9NRJ3 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCL28Q9NRJ3 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCL28Q9NRJ3 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCL28Q9NRJ3 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCL28Q9NRJ3 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCL28Q9NRJ3 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCL28Q9NRJ3 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCL28Q9NRJ3 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCL28Q9NRJ3 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCL28Q9NRJ3 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCL28Q9NRJ3 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCL28Q9NRJ3 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCL28Q9NRJ3 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCL28Q9NRJ3 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCL28Q9NRJ3 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCL28Q9NRJ3 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCL28Q9NRJ3 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
CCL28Q9NRJ3 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCL28Q9NRJ3 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCL28Q9NRJ3 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCL28Q9NRJ3 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCL28Q9NRJ3 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCL28Q9NRJ3 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCL28Q9NRJ3 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCL28Q9NRJ3 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCL28Q9NRJ3 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCL28Q9NRJ3 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC19.49■□□□□ 0.71
CCL28Q9NRJ3 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCL28Q9NRJ3 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCL28Q9NRJ3 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCL28Q9NRJ3 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCL28Q9NRJ3 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 395.8 ms