Protein–RNA interactions for Protein: Q9NQ69

LHX9, LIM/homeobox protein Lhx9, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX9Q9NQ69 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LHX9Q9NQ69 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LHX9Q9NQ69 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LHX9Q9NQ69 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LHX9Q9NQ69 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LHX9Q9NQ69 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LHX9Q9NQ69 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LHX9Q9NQ69 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
LHX9Q9NQ69 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LHX9Q9NQ69 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LHX9Q9NQ69 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LHX9Q9NQ69 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LHX9Q9NQ69 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
LHX9Q9NQ69 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
LHX9Q9NQ69 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
LHX9Q9NQ69 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
LHX9Q9NQ69 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LHX9Q9NQ69 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
LHX9Q9NQ69 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
LHX9Q9NQ69 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LHX9Q9NQ69 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LHX9Q9NQ69 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LHX9Q9NQ69 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LHX9Q9NQ69 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LHX9Q9NQ69 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LHX9Q9NQ69 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LHX9Q9NQ69 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LHX9Q9NQ69 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LHX9Q9NQ69 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LHX9Q9NQ69 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LHX9Q9NQ69 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LHX9Q9NQ69 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LHX9Q9NQ69 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LHX9Q9NQ69 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
LHX9Q9NQ69 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LHX9Q9NQ69 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LHX9Q9NQ69 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LHX9Q9NQ69 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LHX9Q9NQ69 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LHX9Q9NQ69 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LHX9Q9NQ69 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LHX9Q9NQ69 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LHX9Q9NQ69 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
LHX9Q9NQ69 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LHX9Q9NQ69 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LHX9Q9NQ69 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LHX9Q9NQ69 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
LHX9Q9NQ69 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LHX9Q9NQ69 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LHX9Q9NQ69 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LHX9Q9NQ69 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LHX9Q9NQ69 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.1 ms