Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPD3

EXOSC4, Exosome complex component RRP41, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC4Q9NPD3 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC21.3■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC21.3■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC21.29■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC21.28■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC21.25■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
EXOSC4Q9NPD3 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.5 ms