Protein–RNA interactions for Protein: Q9H9Y2

RPF1, Ribosome production factor 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 349 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPF1Q9H9Y2 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC25.82■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.72
RPF1Q9H9Y2 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
RPF1Q9H9Y2 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
RPF1Q9H9Y2 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
RPF1Q9H9Y2 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
RPF1Q9H9Y2 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
RPF1Q9H9Y2 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
RPF1Q9H9Y2 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
RPF1Q9H9Y2 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC25.75■■□□□ 1.71
RPF1Q9H9Y2 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
RPF1Q9H9Y2 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
RPF1Q9H9Y2 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
RPF1Q9H9Y2 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
RPF1Q9H9Y2 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
RPF1Q9H9Y2 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
RPF1Q9H9Y2 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
RPF1Q9H9Y2 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
RPF1Q9H9Y2 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
RPF1Q9H9Y2 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
RPF1Q9H9Y2 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
RPF1Q9H9Y2 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
RPF1Q9H9Y2 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
RPF1Q9H9Y2 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
RPF1Q9H9Y2 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
RPF1Q9H9Y2 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
RPF1Q9H9Y2 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
RPF1Q9H9Y2 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
RPF1Q9H9Y2 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
RPF1Q9H9Y2 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
RPF1Q9H9Y2 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
RPF1Q9H9Y2 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
RPF1Q9H9Y2 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
RPF1Q9H9Y2 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
RPF1Q9H9Y2 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
RPF1Q9H9Y2 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
RPF1Q9H9Y2 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
RPF1Q9H9Y2 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
RPF1Q9H9Y2 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
RPF1Q9H9Y2 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.7
RPF1Q9H9Y2 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
RPF1Q9H9Y2 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
RPF1Q9H9Y2 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
RPF1Q9H9Y2 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
RPF1Q9H9Y2 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC25.69■■□□□ 1.7
RPF1Q9H9Y2 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
RPF1Q9H9Y2 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
RPF1Q9H9Y2 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
RPF1Q9H9Y2 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC25.69■■□□□ 1.7
RPF1Q9H9Y2 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
RPF1Q9H9Y2 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
RPF1Q9H9Y2 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
RPF1Q9H9Y2 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
RPF1Q9H9Y2 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
RPF1Q9H9Y2 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
RPF1Q9H9Y2 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
RPF1Q9H9Y2 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
RPF1Q9H9Y2 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
RPF1Q9H9Y2 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
RPF1Q9H9Y2 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
RPF1Q9H9Y2 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65 ms