Protein–RNA interactions for Protein: Q96QK1

VPS35, Vacuolar protein sorting-associated protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS35Q96QK1 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS35Q96QK1 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC23.45■■□□□ 1.35
VPS35Q96QK1 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS35Q96QK1 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.9 ms