Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC36.3■■■■□ 3.4
TCOF1Q13428 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC36.3■■■■□ 3.4
TCOF1Q13428 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC36.29■■■■□ 3.4
TCOF1Q13428 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.29■■■■□ 3.4
TCOF1Q13428 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.29■■■■□ 3.4
TCOF1Q13428 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC36.29■■■■□ 3.4
TCOF1Q13428 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.29■■■■□ 3.4
TCOF1Q13428 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.29■■■■□ 3.4
TCOF1Q13428 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.28■■■■□ 3.4
TCOF1Q13428 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.28■■■■□ 3.4
TCOF1Q13428 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.28■■■■□ 3.4
TCOF1Q13428 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC36.27■■■■□ 3.4
TCOF1Q13428 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC36.27■■■■□ 3.4
TCOF1Q13428 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.27■■■■□ 3.4
TCOF1Q13428 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC36.27■■■■□ 3.4
TCOF1Q13428 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC36.26■■■■□ 3.4
TCOF1Q13428 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.26■■■■□ 3.4
TCOF1Q13428 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC36.26■■■■□ 3.4
TCOF1Q13428 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC36.26■■■■□ 3.4
TCOF1Q13428 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC36.26■■■■□ 3.39
TCOF1Q13428 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC36.25■■■■□ 3.39
TCOF1Q13428 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC36.25■■■■□ 3.39
TCOF1Q13428 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
TCOF1Q13428 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.24■■■■□ 3.39
TCOF1Q13428 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.24■■■■□ 3.39
TCOF1Q13428 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC36.24■■■■□ 3.39
TCOF1Q13428 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC36.24■■■■□ 3.39
TCOF1Q13428 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.24■■■■□ 3.39
TCOF1Q13428 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.24■■■■□ 3.39
TCOF1Q13428 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC36.24■■■■□ 3.39
TCOF1Q13428 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC36.24■■■■□ 3.39
TCOF1Q13428 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.24■■■■□ 3.39
TCOF1Q13428 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC36.24■■■■□ 3.39
TCOF1Q13428 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.23■■■■□ 3.39
TCOF1Q13428 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.23■■■■□ 3.39
TCOF1Q13428 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.23■■■■□ 3.39
TCOF1Q13428 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.23■■■■□ 3.39
TCOF1Q13428 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC36.23■■■■□ 3.39
TCOF1Q13428 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC36.23■■■■□ 3.39
TCOF1Q13428 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC36.22■■■■□ 3.39
TCOF1Q13428 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.22■■■■□ 3.39
TCOF1Q13428 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.22■■■■□ 3.39
TCOF1Q13428 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.21■■■■□ 3.39
TCOF1Q13428 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC36.21■■■■□ 3.39
TCOF1Q13428 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.2■■■■□ 3.39
TCOF1Q13428 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.39
TCOF1Q13428 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC36.2■■■■□ 3.39
TCOF1Q13428 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.39
TCOF1Q13428 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.39
TCOF1Q13428 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC36.2■■■■□ 3.39
TCOF1Q13428 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.39
TCOF1Q13428 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.39
TCOF1Q13428 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.39
TCOF1Q13428 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC36.19■■■■□ 3.38
TCOF1Q13428 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.19■■■■□ 3.38
TCOF1Q13428 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC36.19■■■■□ 3.38
TCOF1Q13428 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC36.19■■■■□ 3.38
TCOF1Q13428 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC36.18■■■■□ 3.38
TCOF1Q13428 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC36.18■■■■□ 3.38
TCOF1Q13428 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.18■■■■□ 3.38
TCOF1Q13428 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.18■■■■□ 3.38
TCOF1Q13428 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC36.18■■■■□ 3.38
TCOF1Q13428 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.18■■■■□ 3.38
TCOF1Q13428 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC36.18■■■■□ 3.38
TCOF1Q13428 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.17■■■■□ 3.38
TCOF1Q13428 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC36.17■■■■□ 3.38
TCOF1Q13428 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC36.17■■■■□ 3.38
TCOF1Q13428 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC36.17■■■■□ 3.38
TCOF1Q13428 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.17■■■■□ 3.38
TCOF1Q13428 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC36.17■■■■□ 3.38
TCOF1Q13428 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC36.16■■■■□ 3.38
TCOF1Q13428 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.16■■■■□ 3.38
TCOF1Q13428 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC36.16■■■■□ 3.38
TCOF1Q13428 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.16■■■■□ 3.38
TCOF1Q13428 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC36.16■■■■□ 3.38
TCOF1Q13428 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC36.16■■■■□ 3.38
TCOF1Q13428 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC36.16■■■■□ 3.38
TCOF1Q13428 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC36.15■■■■□ 3.38
TCOF1Q13428 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC36.15■■■■□ 3.38
TCOF1Q13428 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC36.14■■■■□ 3.38
TCOF1Q13428 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC36.14■■■■□ 3.38
TCOF1Q13428 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
TCOF1Q13428 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.13■■■■□ 3.38
TCOF1Q13428 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.13■■■■□ 3.37
TCOF1Q13428 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.13■■■■□ 3.37
TCOF1Q13428 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC36.13■■■■□ 3.37
TCOF1Q13428 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.13■■■■□ 3.37
TCOF1Q13428 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC36.13■■■■□ 3.37
TCOF1Q13428 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC36.12■■■■□ 3.37
TCOF1Q13428 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.12■■■■□ 3.37
TCOF1Q13428 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC36.11■■■■□ 3.37
TCOF1Q13428 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.11■■■■□ 3.37
TCOF1Q13428 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC36.11■■■■□ 3.37
TCOF1Q13428 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC36.11■■■■□ 3.37
TCOF1Q13428 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC36.11■■■■□ 3.37
TCOF1Q13428 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.11■■■■□ 3.37
TCOF1Q13428 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
TCOF1Q13428 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
TCOF1Q13428 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
TCOF1Q13428 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
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