Protein–RNA interactions for Protein: P58872

RHBDL3, Rhomboid-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RHBDL3P58872 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC28.47■■■□□ 2.15
RHBDL3P58872 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
RHBDL3P58872 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
RHBDL3P58872 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
RHBDL3P58872 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
RHBDL3P58872 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
RHBDL3P58872 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
RHBDL3P58872 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
RHBDL3P58872 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
RHBDL3P58872 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
RHBDL3P58872 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC28.39■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC28.36■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC28.35■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC28.35■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC28.33■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
RHBDL3P58872 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13 ms