Protein–RNA interactions for Protein: P55317

FOXA1, Hepatocyte nuclear factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 472 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
FOXA1P55317 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
FOXA1P55317 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
FOXA1P55317 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
FOXA1P55317 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
FOXA1P55317 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC23.02■■□□□ 1.28
FOXA1P55317 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
FOXA1P55317 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
FOXA1P55317 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
FOXA1P55317 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
FOXA1P55317 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC23.01■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
FOXA1P55317 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC22.91■■□□□ 1.26
FOXA1P55317 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.1 ms