Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC27.5■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC27.5■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC27.44■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
SMARCA1P28370 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC27.37■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC27.34■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 97.6 ms