Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
SNHG28P0DPA3 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
SNHG28P0DPA3 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
SNHG28P0DPA3 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
SNHG28P0DPA3 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
SNHG28P0DPA3 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
SNHG28P0DPA3 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
SNHG28P0DPA3 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC27.65■■■□□ 2.02
SNHG28P0DPA3 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
SNHG28P0DPA3 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
SNHG28P0DPA3 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
SNHG28P0DPA3 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC27.65■■■□□ 2.02
SNHG28P0DPA3 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
SNHG28P0DPA3 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC27.64■■■□□ 2.02
SNHG28P0DPA3 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
SNHG28P0DPA3 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC27.64■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC27.63■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC27.63■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC27.58■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
SNHG28P0DPA3 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC27.57■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC27.56■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC27.55■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC27.54■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC27.52■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
SNHG28P0DPA3 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
SNHG28P0DPA3 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
SNHG28P0DPA3 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
SNHG28P0DPA3 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.8 ms