Protein–RNA interactions for Protein: P02549

SPTA1, Spectrin alpha chain, erythrocytic 1, humanhuman

Predictions only

Length 2,419 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SPTA1P02549 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SPTA1P02549 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SPTA1P02549 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SPTA1P02549 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.9 ms