Protein–RNA interactions for Protein: O75056

SDC3, Syndecan-3, humanhuman

Predictions only

Length 442 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC3O75056 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SDC3O75056 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
SDC3O75056 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SDC3O75056 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SDC3O75056 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SDC3O75056 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SDC3O75056 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SDC3O75056 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SDC3O75056 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SDC3O75056 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SDC3O75056 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SDC3O75056 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SDC3O75056 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SDC3O75056 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SDC3O75056 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SDC3O75056 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SDC3O75056 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
SDC3O75056 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SDC3O75056 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SDC3O75056 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SDC3O75056 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SDC3O75056 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SDC3O75056 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SDC3O75056 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SDC3O75056 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SDC3O75056 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SDC3O75056 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SDC3O75056 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SDC3O75056 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SDC3O75056 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SDC3O75056 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SDC3O75056 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SDC3O75056 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SDC3O75056 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
SDC3O75056 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SDC3O75056 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SDC3O75056 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
SDC3O75056 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SDC3O75056 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SDC3O75056 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SDC3O75056 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SDC3O75056 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SDC3O75056 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SDC3O75056 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SDC3O75056 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SDC3O75056 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SDC3O75056 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SDC3O75056 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SDC3O75056 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SDC3O75056 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SDC3O75056 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SDC3O75056 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SDC3O75056 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SDC3O75056 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SDC3O75056 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SDC3O75056 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SDC3O75056 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SDC3O75056 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SDC3O75056 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SDC3O75056 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SDC3O75056 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SDC3O75056 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SDC3O75056 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SDC3O75056 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SDC3O75056 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SDC3O75056 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SDC3O75056 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SDC3O75056 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SDC3O75056 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SDC3O75056 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SDC3O75056 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SDC3O75056 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SDC3O75056 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SDC3O75056 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SDC3O75056 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SDC3O75056 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SDC3O75056 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SDC3O75056 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SDC3O75056 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SDC3O75056 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SDC3O75056 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SDC3O75056 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SDC3O75056 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SDC3O75056 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SDC3O75056 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
SDC3O75056 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SDC3O75056 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SDC3O75056 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SDC3O75056 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SDC3O75056 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SDC3O75056 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SDC3O75056 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SDC3O75056 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SDC3O75056 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SDC3O75056 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
SDC3O75056 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SDC3O75056 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
SDC3O75056 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SDC3O75056 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SDC3O75056 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.4 ms