Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 RDH12-201ENST00000267502 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 FOS-208ENST00000555686 1496 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 MAT2A-202ENST00000409017 1927 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 SLC52A1-201ENST00000254853 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 DYDC2-202ENST00000372197 2022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 AP3S2-216ENST00000617003 1561 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 ATP6V1C2-204ENST00000635370 1578 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 EPM2A-201ENST00000367519 3465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 ZNF302-201ENST00000423823 2590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 PBK-201ENST00000301905 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 CYP2U1-202ENST00000508453 3125 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 LSP1-203ENST00000405957 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 SQOR-208ENST00000568606 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 EWSR1-222ENST00000629659 2446 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 ZBTB10-203ENST00000430430 10132 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 DPP9-AS1-201ENST00000381796 3071 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 RGS3-206ENST00000374136 2092 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 VPS13B-201ENST00000355155 2822 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 TMEM147-AS1-203ENST00000589137 1627 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 WIPF1-201ENST00000272746 3028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 HRASLS5-206ENST00000540857 3032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 SRPK3-201ENST00000370100 1717 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 LINC02012-201ENST00000608206 1725 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 UCKL1-202ENST00000358711 1845 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 JTB-201ENST00000271843 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 VCX2-201ENST00000317103 815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 ZSCAN2-203ENST00000334141 993 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 TSSK5P-201ENST00000423978 907 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 C8orf46-205ENST00000480005 865 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 LACTB2-203ENST00000522447 1034 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 AC026471.2-201ENST00000569782 655 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 VCX-203ENST00000620630 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 FAM92A-219ENST00000620645 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 SNRPF-201ENST00000266735 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 AL021920.2-201ENST00000624828 1351 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 FHL2-201ENST00000322142 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 RNF103-201ENST00000237455 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 ASTN2-202ENST00000313400 4747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 LBX2-AS1-201ENST00000548978 1852 ntTSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP39Q53GS9 RBPJL-201ENST00000343694 2489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 C5orf24-202ENST00000394976 5065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 TP73-208ENST00000378295 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 AC093525.9-201ENST00000624961 1746 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 ORMDL1-203ENST00000392350 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 HCRTR1-203ENST00000403528 2003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 KIAA2026-202ENST00000399933 6988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 INPP5J-207ENST00000405300 2515 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 AL357673.1-201ENST00000637610 2542 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 PLXND1-201ENST00000324093 7094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 KIFC3-203ENST00000445690 3379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 DNAJB2-201ENST00000336576 3176 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 TIMM50-202ENST00000544017 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 CSF1-204ENST00000369802 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 ADCYAP1R1-203ENST00000409363 1889 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 GJB3-201ENST00000373362 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 HARS-204ENST00000438307 1789 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 TAPBP-238ENST00000475304 1686 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 PAM16-201ENST00000318059 587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 SNHG17-203ENST00000417578 880 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 AC142381.1-201ENST00000426099 345 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 KRT17P7-201ENST00000451704 1104 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 AL359815.1-201ENST00000457706 821 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 CD28-203ENST00000458610 705 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 SMIM15-AS1-201ENST00000506902 796 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 CCDC25-209ENST00000522915 785 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 AL139349.1-201ENST00000530479 577 ntTSL 4 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 AC005544.2-201ENST00000579138 229 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 TPGS2-215ENST00000590842 1239 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 FAM66A-202ENST00000602658 546 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 AL138828.2-201ENST00000615812 383 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 SPDYE12P-201ENST00000618416 771 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 C12orf56-207ENST00000543942 3242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 SYTL3-202ENST00000360448 2504 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 CREBBP-201ENST00000262367 10803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 AGGF1P2-201ENST00000426656 2106 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 PPARD-202ENST00000337400 2041 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 SLC44A3-207ENST00000529450 2045 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 CLDN7-203ENST00000538261 1923 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 C2orf81-202ENST00000612891 1902 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 PCCB-201ENST00000251654 1833 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 RPS5-202ENST00000596046 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 B4GALT4-216ENST00000483209 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 LMX1B-204ENST00000561065 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 PPM1E-201ENST00000308249 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 ANTXRL-206ENST00000622632 1964 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 PTHLH-201ENST00000201015 1872 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 APLNR-203ENST00000611099 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 TRPM2-208ENST00000621064 1669 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 ADAM22-202ENST00000398201 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 UGP2-202ENST00000394417 2136 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 ZBTB11-202ENST00000461821 2115 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 SLC22A3-201ENST00000275300 3348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 SLC9A3P2-201ENST00000447821 2021 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 LINC01116-202ENST00000339037 838 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 NDUFB8-202ENST00000370320 684 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 ADIRF-201ENST00000372013 917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 PSEN2-206ENST00000472139 1163 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 HLA-V-204ENST00000476601 1289 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 SLC25A30-AS1-201ENST00000506633 701 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.8 ms