Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUW8

TDP1, Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1, humanhuman

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Length 608 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TDP1Q9NUW8 MAPKAPK3-201ENST00000357955 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 RGL3-202ENST00000393423 2278 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 TNIP1-211ENST00000521591 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 CCKAR-201ENST00000295589 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 NOL4L-205ENST00000375678 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 KMT5C-212ENST00000630497 2037 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 PARVG-205ENST00000422871 3462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 ITGA7-201ENST00000257879 4120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 IL3RA-202ENST00000381469 1476 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 AC007541.1-201ENST00000570282 1469 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 GYPC-202ENST00000356887 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 PDPK2P-201ENST00000382326 2387 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 CIAPIN1-207ENST00000565961 1814 ntTSL 3 BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 ACTR3-208ENST00000535589 1530 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 PCDH7-201ENST00000361762 6403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 CCDC120-204ENST00000597275 2752 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 ZNF419-204ENST00000415379 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 EMILIN3-201ENST00000332312 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 RELA-227ENST00000615805 2236 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 AL096814.1-202ENST00000372963 647 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 UFL1-AS1-201ENST00000430796 548 ntTSL 3 BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 RN7SL692P-201ENST00000464677 288 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 C3orf67-212ENST00000491845 832 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 SPATA8-AS1-201ENST00000558722 465 ntTSL 3 BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 AC010336.2-201ENST00000564226 506 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 AC015688.8-201ENST00000577746 656 ntTSL 4 BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 VAT1-205ENST00000587173 1174 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 ZNF226-211ENST00000588742 447 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 GAL3ST1-203ENST00000402321 1908 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 MCMBP-201ENST00000360003 4169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 AATK-201ENST00000326724 5257 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 AKR7L-202ENST00000429712 1313 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 CHST11-205ENST00000549260 5696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 APBB2-204ENST00000502841 1681 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 MARCH2-208ENST00000602117 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 AC005915.1-201ENST00000624912 2018 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 GABARAPL1-205ENST00000539170 1700 ntTSL 3 BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 LINC01168-201ENST00000461291 5254 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 LINC00336-201ENST00000477984 2107 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 MTFR2-203ENST00000420702 1793 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 TBX6-203ENST00000553607 2162 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 AC105020.1-201ENST00000435356 2205 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 NFIX-214ENST00000592199 1509 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 CLCNKB-204ENST00000619181 1544 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 KMT5A-201ENST00000330479 3069 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 STRADA-254ENST00000640999 2336 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 HOXA10-202ENST00000396344 1570 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 ACSM2B-211ENST00000567001 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 GFOD2-203ENST00000602377 1991 ntTSL 4 BASIC16.86■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 GCK-202ENST00000345378 2421 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 PHKA1-201ENST00000339490 6121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 NPM2-201ENST00000289820 1100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 UBXN1-201ENST00000294119 1291 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 PDSS2-201ENST00000369031 1236 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 C11orf88-202ENST00000375618 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 MAP9-202ENST00000379248 1165 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 NPM2-202ENST00000381530 925 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 SMAGP-202ENST00000398453 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
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TDP1Q9NUW8 AL353779.1-201ENST00000434793 351 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 AL158198.1-201ENST00000449143 380 ntTSL 3 BASIC16.86■□□□□ 0.29
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TDP1Q9NUW8 ARMC7-205ENST00000584947 445 ntTSL 3 BASIC16.86■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 AL132655.2-201ENST00000596276 594 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 LINC00207-204ENST00000605505 666 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 RBCK1-215ENST00000640614 2599 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 CCDC105-201ENST00000292574 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 EIF1B-AS1-206ENST00000631175 1303 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 PLEKHG4-205ENST00000450733 4480 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 PPP3CA-201ENST00000323055 4519 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
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TDP1Q9NUW8 NOL4L-210ENST00000616976 1376 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 SCRIB-203ENST00000377533 5108 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 DIABLO-204ENST00000413918 1859 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 SH3BP4-202ENST00000392011 5194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 CFAP43-203ENST00000369719 1434 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 FO681492.1-201ENST00000623662 5321 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 HAPLN3-201ENST00000359595 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 UBFD1-201ENST00000395878 5110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 PLCB2-201ENST00000260402 4616 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 HM13-202ENST00000340852 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 PDE3B-201ENST00000282096 6076 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 EPN2-203ENST00000395618 2216 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 SHISA5-219ENST00000612611 1677 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 ARL6IP6-201ENST00000326446 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 ADCY6-202ENST00000357869 5748 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 TP73-AS1-203ENST00000423764 2875 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 LINC01144-201ENST00000626198 1710 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 AC005622.1-201ENST00000636801 1703 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 BRPF1-203ENST00000424362 4712 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 TMEM138-201ENST00000278826 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 CCNL2-203ENST00000408952 1857 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 VCX2-201ENST00000317103 815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 ADIRF-201ENST00000372013 917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 BLCAP-202ENST00000397131 633 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.85■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 BLCAP-203ENST00000397134 566 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.85■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 RPUSD3-204ENST00000424438 1005 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
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